| MirGeneDB ID | Cli-Mir-1677-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1677 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-1677-P1 Cli-Mir-1677-P2 Cli-Mir-1677-P4 Cli-Mir-1677-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cpi-Mir-1677-o6 Gga-Mir-1677-P6 Tgu-Mir-1677-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold231: 75600-75657 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1677-P6) |
Mir-187
scaffold231: 68271-68328 [+]
Mir-1677-P6 scaffold231: 75600-75657 [+] |
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| Seed | UGACUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGCCUUGACUGUUAGCCUUUGGGAUGCAAACCUGCUCUCAUUUAAGUCAAUGUGAGUUUUAUCAUUGACUUAAUUGGAAGUGAGAUUGAGCCACUGGGCAUGUGAGUGGCUUUGAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGCCUUGACUGUUAGC---| UUG AUG AC - CU U UGAG CU GG CAA CU GCU CA UUAAGUCAAUG U GG CC GUU GA UGA GU AAUUCAGUUAC U UGAGUUUCGGUGAGUGUACG^ UCA GA- A- G AG U UAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cli-Mir-1677-P6_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUGCUCUCAUUUAAGUCAAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cli-Mir-1677-P6_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UUGACUUAAUUGGAAGUGAGAUU -58
Get sequence
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