| MirGeneDB ID | Cli-Mir-1677-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1677 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-1677-P1 Cli-Mir-1677-P4 Cli-Mir-1677-P5 Cli-Mir-1677-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cpi-Mir-1677-P2 Gga-Mir-1677-P2 Tgu-Mir-1677-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Archelosauria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold309: 1394353-1394414 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUUAAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCACUGCCUUCUGAUAUGCAAUACAGGCGUGAUCAAAAGCCUAUUUAAGUCAGUGGACUGAUUCCCAAUGACUUUAAUGGGCUUUGGAUUACACCCUAAUUGCACUGAUGUUCCCUUUACUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCACUGCCUUCUGAUAU--| ACA C A U GUGGACU GCAAU GG GUGAUC AAAGCCUAUU AAGUCA G CGUUA CC CAUUAG UUUCGGGUAA UUCAGU A AUCAUUUCCCUUGUAGUCA^ AUC A G U AACCCUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cli-Mir-1677-P2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAUCAAAAGCCUAUUUAAGUCA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cli-Mir-1677-P2_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACUUUAAUGGGCUUUGGAUUAC -62
Get sequence
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