| MirGeneDB ID | Tca-Mir-9-P9b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-9d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-9-P9a Tca-Mir-9-P9b-v1 Tca-Mir-9-P9c-v1 Tca-Mir-9-P10 Tca-Mir-9-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P9 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P9 Dma-Mir-9-P9 Dme-Mir-9-P9 Dmo-Mir-9-P9 Dpu-Mir-9-P9 Dsi-Mir-9-P9 Dya-Mir-9-P9 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hme-Mir-9-P9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG5: 7455728-7455788 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P9b-v2) |
Mir-9-P9b-v1
LG5: 7455728-7455787 [+]
Ensembl
Mir-9-P9b-v2 LG5: 7455728-7455788 [+] Ensembl Mir-2-P5d LG5: 7455840-7455901 [+] Ensembl Mir-3-P4 LG5: 7455958-7456014 [+] Ensembl Mir-3893 LG5: 7457235-7457292 [+] Ensembl Mir-3-P6 LG5: 7457335-7457391 [+] Ensembl Mir-3-P5 LG5: 7457453-7457508 [+] Ensembl Mir-36 LG5: 7457551-7457607 [+] Ensembl |
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| Variant | Tca-Mir-9-P9b-v2 |
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| Seed | AAAGCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCACCCGUAGAAAUACGUCUACUUUAUAUUUCUUUGGUGAUCUAACUUAUGAUUAACUUUAUAAGUCAUAAAGCUAGAUUCACCAAAGAAAUAUGUGGUUGGCAACGCUACGUUCUGAAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCACCCGUAGAAAUACG-- U U - A -| AUUAACU UC ACU UAUAUUUCUUUGGUG AUCUA C UUAUG \ GG UGG GUAUAAAGAAACCAC UAGAU G AAUAC U AGAAGUCUUGCAUCGCAAC U U U C A^ UGAAUAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-9-P9b-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0018748 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUGAUCUAACUUAUG -21
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-9-P9b-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0018749 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAAGCUAGAUUCACCAAAGAAA -61
Get sequence
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| Variant | Tca-Mir-9-P9b-v1 |
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| Seed | UAAAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCACCCGUAGAAAUACGUCUACUUUAUAUUUCUUUGGUGAUCUAACUUAUGAUUAACUUUAUAAGUCAUAAAGCUAGAUUCACCAAAGAAAUAUGUGGUUGGCAACGCUACGUUCUGAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCACCCGUAGAAAUACG- U U - A -| UUAACU UC ACU UAUAUUUCUUUGGUG AUCUA C UUAUGA \ GG UGG GUAUAAAGAAACCAC UAGAU G AAUACU U GAAGUCUUGCAUCGCAAC U U U C A^ GAAUAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-9-P9b-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0018748 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUGAUCUAACUUAUGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-9-P9b-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0018749 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUAAAGCUAGAUUCACCAAAGAA -60
Get sequence
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