MirGeneDB ID | Sha-Mir-430-P51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sha-Mir-430-o10 Sha-Mir-430-o11 Sha-Mir-430-o12 Sha-Mir-430-o13 Sha-Mir-430-o14 Sha-Mir-430-o15 Sha-Mir-430-o16 Sha-Mir-430-o17 Sha-Mir-430-o18 Sha-Mir-430-o19 Sha-Mir-430-o20 Sha-Mir-430-o21 Sha-Mir-430-o22 Sha-Mir-430-o23 Sha-Mir-430-o24 Sha-Mir-430-o25 Sha-Mir-430-o26 Sha-Mir-430-o27 Sha-Mir-430-o29 Sha-Mir-430-P1 Sha-Mir-430-P2 Sha-Mir-430-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Mdo-Mir-430-P51 Neu-Mir-430-P51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL849772.1: 42803-42860 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P51) |
Mir-430-P51
GL849772.1: 42803-42860 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-7303-P2 GL849772.1: 43147-43201 [-] UCSC Ensembl Mir-1541 GL849772.1: 43949-44008 [-] UCSC Ensembl Mir-7304 GL849772.1: 44094-44152 [-] UCSC Ensembl Mir-7303-P1-v1 GL849772.1: 44547-44605 [-] UCSC Ensembl Mir-7303-P1-v2 GL849772.1: 44547-44605 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGAGGUGAACGGCGACCUCAAUUUGUUCCAUCCUUACUAAGGGCACUUUUCAGCCAGCUGAGGGAAAAGUGCUCCUGGUGAGGAAGGAACAGUUUGAGCUCAUCCUGCCGCGGGGGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AAGAGGUGAACGGCGAC--| U A A AGCCA CUCAA UUGUUCC UCCUUACUA GGGCACUUUUC G GAGUU GACAAGG AGGAGUGGU CUCGUGAAAAG C GGGGGGCGCCGUCCUACUC^ U A C GGAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sha-Mir-430-P51_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUCCUUACUAAGGGCACUUUUC -22
Get sequence
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Mature sequence | Sha-Mir-430-P51_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AAAGUGCUCCUGGUGAGGAAGG -58
Get sequence
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