| MirGeneDB ID | Sha-Mir-7303-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-7303 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-7303-P1-v1 Sha-Mir-7303-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mdo-Mir-7303-P1-v1 Neu-Mir-7303-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL849772.1: 44547-44605 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7303-P1-v2) |
Mir-430-P51
GL849772.1: 42803-42860 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-7303-P2 GL849772.1: 43147-43201 [-] UCSC Ensembl Mir-1541 GL849772.1: 43949-44008 [-] UCSC Ensembl Mir-7304 GL849772.1: 44094-44152 [-] UCSC Ensembl Mir-7303-P1-v1 GL849772.1: 44547-44605 [-] UCSC Ensembl Mir-7303-P1-v2 GL849772.1: 44547-44605 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Sha-Mir-7303-P1-v2 |
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| Seed | AUGCGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUGGGGAGCAGACGGGGUCCAGCCCAGCUUCAUCCAAACAGGACGCAUUGUCCCAUAUGACCAGGAUAUGCGUCCUCUUUGGAUAUUGUUGGGCGAGAACUGAUCGCAGCAGCGGGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUUGGGGAGCAGACGGGG--| CA UUC C UGUCCCAUA UC GCCCAGC AUCCAAA AGGACGCAU \ AG CGGGUUG UAGGUUU UCCUGCGUA U UGGGGCGACGACGCUAGUCA^ AG UUA C UAGGACCAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-7303-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAUCCAAACAGGACGCAUUGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Mir-7303-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUGCGUCCUCUUUGGAUAUUG -59
Get sequence
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| Variant | Sha-Mir-7303-P1-v1 |
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| Seed | UAUGCGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUGGGGAGCAGACGGGGUCCAGCCCAGCUUCAUCCAAACAGGACGCAUUGUCCCAUAUGACCAGGAUAUGCGUCCUCUUUGGAUAUUGUUGGGCGAGAACUGAUCGCAGCAGCGGGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUUGGGGAGCAGACGGGG--| CA UUC C U CCAUA UC GCCCAGC AUCCAAA AGGACGCAU GUC U AG CGGGUUG UAGGUUU UCCUGCGUA UAG G UGGGGCGACGACGCUAGUCA^ AG UUA C - GACCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-7303-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAUCCAAACAGGACGCAUUGUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Mir-7303-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUAUGCGUCCUCUUUGGAUAUUG -59
Get sequence
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