| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-7303-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-7303 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-7305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-7303-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Neu-Mir-7303-P1-v1 Sha-Mir-7303-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
4: 400892027-400892085 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7303-P1-v1) |
Mir-430-P52
4: 400890413-400890471 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P51 4: 400890701-400890759 [-] UCSC Ensembl Mir-7303-P2 4: 400890972-400891034 [-] UCSC Ensembl Mir-1541 4: 400891450-400891510 [-] UCSC Ensembl Mir-7304 4: 400891594-400891652 [-] UCSC Ensembl Mir-7303-P1-v1 4: 400892027-400892085 [-] UCSC Ensembl Mir-7303-P1-v2 4: 400892027-400892085 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mdo-Mir-7303-P1-v1 |
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| Seed | CAUCCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGGACGAGCAGAUGGGGUCCAACCCAACCUCAUCCAAACUGGGCACACUGUCCCAUAUAGCCAGGAUAUGCGUCCUCUUUGGAUAUUGUUGGGUGAGACGGGAAUCAUGGCACAACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCGGACGAGCAGAUGGG--| CA CUC CU A C CAUA GUC ACCCAAC AUCCAAA GGGC CA UGUCC U CAG UGGGUUG UAGGUUU CCUG GU AUAGG A GUCAACACGGUACUAAGGG^ AG UUA CU C - ACCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-7303-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0028604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAUCCAAACUGGGCACACUGUCC -24
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7305-5p |
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| Co-mature sequence | Mdo-Mir-7303-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0028605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUAUGCGUCCUCUUUGGAUAUUG -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7305-3p |
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| Variant | Mdo-Mir-7303-P1-v2 |
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| Seed | CAUCCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGGACGAGCAGAUGGGGUCCAACCCAACCUCAUCCAAACUGGGCACACUGUCCCAUAUAGCCAGGAUAUGCGUCCUCUUUGGAUAUUGUUGGGUGAGACGGGAAUCAUGGCACAACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCGGACGAGCAGAUGGG--| CA CUC CU A C CCAUA GUC ACCCAAC AUCCAAA GGGC CA UGUC U CAG UGGGUUG UAGGUUU CCUG GU AUAG A GUCAACACGGUACUAAGGG^ AG UUA CU C - GACCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-7303-P1-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0028604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAUCCAAACUGGGCACACUGUC -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7305-5p |
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| Co-mature sequence | Mdo-Mir-7303-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0028605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUGCGUCCUCUUUGGAUAUUG -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7305-3p |
