MirGeneDB ID | Sha-Mir-430-o29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sha-Mir-430-o10 Sha-Mir-430-o11 Sha-Mir-430-o12 Sha-Mir-430-o13 Sha-Mir-430-o14 Sha-Mir-430-o15 Sha-Mir-430-o16 Sha-Mir-430-o17 Sha-Mir-430-o18 Sha-Mir-430-o19 Sha-Mir-430-o20 Sha-Mir-430-o21 Sha-Mir-430-o22 Sha-Mir-430-o23 Sha-Mir-430-o24 Sha-Mir-430-o25 Sha-Mir-430-o26 Sha-Mir-430-o27 Sha-Mir-430-P1 Sha-Mir-430-P2 Sha-Mir-430-P3 Sha-Mir-430-P51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-430-P29a Hsa-Mir-430-P29b Hsa-Mir-430-P29c Mml-Mir-430-P29a Mml-Mir-430-P29b-v1 Mml-Mir-430-P29c Pab-Mir-430-P29a Pab-Mir-430-P29b Pab-Mir-430-P29c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL850554.1: 7912-7971 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o29) |
Mir-430-o24
GL850554.1: 7215-7274 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-o25 GL850554.1: 7366-7425 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o29 GL850554.1: 7912-7971 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o10 GL850554.1: 8373-8431 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o11 GL850554.1: 9301-9361 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o12 GL850554.1: 9594-9645 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o13 GL850554.1: 10072-10130 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o14 GL850554.1: 10797-10856 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o15 GL850554.1: 11170-11227 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o16 GL850554.1: 11719-11778 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o17 GL850554.1: 13105-13161 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o18 GL850554.1: 14118-14177 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o19 GL850554.1: 14478-14536 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o20 GL850554.1: 15192-15251 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o21 GL850554.1: 15527-15586 [+] UCSC Ensembl |
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Seed | UUCUAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGCAGUAAAGAACGACCCAGCCUUGCACAUUCUAACUCUGAGCACUUAUUGGAUAUGUAAGAAGCAUAAGUGCUCUCUGUUAGGAUGAGCCCGACUGAGGAUCAAGACAUUGGUUUGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAAGCAGUAAAGAACGA- -| CCUU A UCU UGGAUAU CC CAG GC CAUUCUAAC GAGCACUUAU G GG GUC CG GUAGGAUUG CUCGUGAAUA U CGUUUGGUUACAGAACUA A^ AGCC A UCU CGAAGAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sha-Mir-430-o29_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUUCUAACUCUGAGCACUUAUU -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Sha-Mir-430-o29_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAAGUGCUCUCUGUUAGGAUGA -60
Get sequence
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