MirGeneDB ID | Sha-Mir-430-o14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sha-Mir-430-o10 Sha-Mir-430-o11 Sha-Mir-430-o12 Sha-Mir-430-o13 Sha-Mir-430-o15 Sha-Mir-430-o16 Sha-Mir-430-o17 Sha-Mir-430-o18 Sha-Mir-430-o19 Sha-Mir-430-o20 Sha-Mir-430-o21 Sha-Mir-430-o22 Sha-Mir-430-o23 Sha-Mir-430-o24 Sha-Mir-430-o25 Sha-Mir-430-o26 Sha-Mir-430-o27 Sha-Mir-430-o29 Sha-Mir-430-P1 Sha-Mir-430-P2 Sha-Mir-430-P3 Sha-Mir-430-P51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-430-P14 Mml-Mir-430-P14a Mml-Mir-430-P14b Pab-Mir-430-P14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL850554.1: 10797-10856 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o14) |
Mir-430-o24
GL850554.1: 7215-7274 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-o25 GL850554.1: 7366-7425 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o29 GL850554.1: 7912-7971 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o10 GL850554.1: 8373-8431 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o11 GL850554.1: 9301-9361 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o12 GL850554.1: 9594-9645 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o13 GL850554.1: 10072-10130 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o14 GL850554.1: 10797-10856 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o15 GL850554.1: 11170-11227 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o16 GL850554.1: 11719-11778 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o17 GL850554.1: 13105-13161 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o18 GL850554.1: 14118-14177 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o19 GL850554.1: 14478-14536 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o20 GL850554.1: 15192-15251 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o21 GL850554.1: 15527-15586 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAACAGCACAGGACAACCCAGCCUUGCCCAUCCCAAUGGGGAGCACUUAUUAGCUAUGUAAGAAUCAUAAGUGCUCUCUGUUAGGGUGAGCCCGACUGAGGAUCAAGCUACACUUGGUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACAACAGCACAGGACAA- -| CCUU C C UAGCUAU CC CAG GC CAUCC AAUGGGGAGCACUUAU G GG GUC CG GUGGG UUGUCUCUCGUGAAUA U UUGGUUCACAUCGAACUA A^ AGCC A A CUAAGAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Sha-Mir-430-o14_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUCCCAAUGGGGAGCACUUAUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Sha-Mir-430-o14_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAAGUGCUCUCUGUUAGGGUGA -60
Get sequence
|