MirGeneDB ID | Hsa-Mir-430-P29c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hsa-mir-517c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hsa-Mir-430-P1 Hsa-Mir-430-P2 Hsa-Mir-430-P3 Hsa-Mir-430-P4 Hsa-Mir-430-P5 Hsa-Mir-430-P6 Hsa-Mir-430-P7 Hsa-Mir-430-P8a Hsa-Mir-430-P8b Hsa-Mir-430-P9 Hsa-Mir-430-P10 Hsa-Mir-430-P11 Hsa-Mir-430-P12a Hsa-Mir-430-P12b Hsa-Mir-430-P13 Hsa-Mir-430-P14 Hsa-Mir-430-P15 Hsa-Mir-430-P16a Hsa-Mir-430-P16b Hsa-Mir-430-P17 Hsa-Mir-430-P18 Hsa-Mir-430-P19 Hsa-Mir-430-P20 Hsa-Mir-430-P21 Hsa-Mir-430-P22 Hsa-Mir-430-P23 Hsa-Mir-430-P24 Hsa-Mir-430-P25 Hsa-Mir-430-P26 Hsa-Mir-430-P27 Hsa-Mir-430-P28 Hsa-Mir-430-P29a Hsa-Mir-430-P29b Hsa-Mir-430-P30 Hsa-Mir-430-P31a Hsa-Mir-430-P31b Hsa-Mir-430-P32 Hsa-Mir-430-P33a Hsa-Mir-430-P33b Hsa-Mir-430-P34a Hsa-Mir-430-P34b Hsa-Mir-430-P35 Hsa-Mir-430-P36 Hsa-Mir-430-P37a Hsa-Mir-430-P37b Hsa-Mir-430-P37c Hsa-Mir-430-P38 Hsa-Mir-430-P39 Hsa-Mir-430-P40a Hsa-Mir-430-P40b Hsa-Mir-430-P41a Hsa-Mir-430-P41b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Mml-Mir-430-P29c Pab-Mir-430-P29c Sha-Mir-430-o29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (hg38) |
chr19: 53741332-53741390 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P29c) |
Mir-430-P18
chr19: 53694406-53694464 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P19 chr19: 53695225-53695284 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P20 chr19: 53697547-53697605 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P21 chr19: 53698400-53698458 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P22 chr19: 53700030-53700088 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P23 chr19: 53701228-53701288 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P24 chr19: 53702750-53702808 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P25 chr19: 53706266-53706324 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P26 chr19: 53707468-53707527 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P27 chr19: 53708759-53708817 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P28 chr19: 53711017-53711075 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P29a chr19: 53712282-53712342 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P30 chr19: 53713361-53713422 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P31a chr19: 53716608-53716668 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P32 chr19: 53720111-53720170 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P29b chr19: 53721081-53721139 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P33a chr19: 53722182-53722241 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P34a chr19: 53725457-53725514 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P35 chr19: 53726928-53726982 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P36 chr19: 53729853-53729911 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P37a chr19: 53731019-53731078 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P38 chr19: 53734892-53734950 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P34b chr19: 53736860-53736922 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P37b chr19: 53739348-53739407 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P29c chr19: 53741332-53741390 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P33b chr19: 53742528-53742587 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P31b chr19: 53748650-53748710 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P39 chr19: 53751226-53751285 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P40a chr19: 53752410-53752470 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P37c chr19: 53754031-53754089 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P41b chr19: 53756756-53756818 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P16b chr19: 53758246-53758304 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P41a chr19: 53761148-53761210 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P40b chr19: 53762358-53762418 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P5 chr19: 53787680-53787738 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P6 chr19: 53787895-53787953 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P7 chr19: 53788710-53788770 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCGUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACUGGAGCAAGAAGAUCUCAGGCAGUGACCCUCUAGAUGGAAGCACUGUCUGUUGUCUAAGAAAAGAUCGUGCAUCCUUUUAGAGUGUUACUGUUUGAGAAAAUCAACGUUGAAGAUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UACUGGAGCAAGAAGAU--| C U A U GUUGUC CUCAGGCAGUGAC CUCUAGA GGA GCAC GUCU \ GAGUUUGUCAUUG GAGAUUU CCU CGUG UAGA U GUAGAAGUUGCAACUAAAA^ U U A C AAAGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Hsa-Mir-430-P29c_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0002851 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCUCUAGAUGGAAGCACUGUCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0002851 TargetScanVert: hsa-miR-517-5p TargetMiner: hsa-miR-517-5p miRDB: MIMAT0002851 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Hsa-Mir-430-P29c_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0002866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUCGUGCAUCCUUUUAGAGUGU -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0002866 TargetScanVert: hsa-miR-517c-3p TargetMiner: hsa-miR-517c-3p miRDB: MIMAT0002866 |