| MirGeneDB ID | Hsa-Mir-430-P26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hsa-mir-520c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hsa-Mir-430-P1 Hsa-Mir-430-P2 Hsa-Mir-430-P3 Hsa-Mir-430-P4 Hsa-Mir-430-P5 Hsa-Mir-430-P6 Hsa-Mir-430-P7 Hsa-Mir-430-P8a Hsa-Mir-430-P8b Hsa-Mir-430-P9 Hsa-Mir-430-P10 Hsa-Mir-430-P11 Hsa-Mir-430-P12a Hsa-Mir-430-P12b Hsa-Mir-430-P13 Hsa-Mir-430-P14 Hsa-Mir-430-P15 Hsa-Mir-430-P16a Hsa-Mir-430-P16b Hsa-Mir-430-P17 Hsa-Mir-430-P18 Hsa-Mir-430-P19 Hsa-Mir-430-P20 Hsa-Mir-430-P21 Hsa-Mir-430-P22 Hsa-Mir-430-P23 Hsa-Mir-430-P24 Hsa-Mir-430-P25 Hsa-Mir-430-P27 Hsa-Mir-430-P28 Hsa-Mir-430-P29a Hsa-Mir-430-P29b Hsa-Mir-430-P29c Hsa-Mir-430-P30 Hsa-Mir-430-P31a Hsa-Mir-430-P31b Hsa-Mir-430-P32 Hsa-Mir-430-P33a Hsa-Mir-430-P33b Hsa-Mir-430-P34a Hsa-Mir-430-P34b Hsa-Mir-430-P35 Hsa-Mir-430-P36 Hsa-Mir-430-P37a Hsa-Mir-430-P37b Hsa-Mir-430-P37c Hsa-Mir-430-P38 Hsa-Mir-430-P39 Hsa-Mir-430-P40a Hsa-Mir-430-P40b Hsa-Mir-430-P41a Hsa-Mir-430-P41b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Sha-Mir-430-o26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (hg38) |
chr19: 53707468-53707527 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P26) |
Mir-430-P8b
chr19: 53666693-53666750 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P8a chr19: 53669177-53669234 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P9 chr19: 53671978-53672033 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P10 chr19: 53674230-53674289 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P11 chr19: 53675725-53675785 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P12b chr19: 53679016-53679074 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P13 chr19: 53679953-53680011 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P14 chr19: 53682173-53682233 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P12a chr19: 53685022-53685080 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P15 chr19: 53686484-53686543 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P16a chr19: 53688495-53688553 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P17 chr19: 53690895-53690953 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P18 chr19: 53694406-53694464 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P19 chr19: 53695225-53695284 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P20 chr19: 53697547-53697605 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P21 chr19: 53698400-53698458 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P22 chr19: 53700030-53700088 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P23 chr19: 53701228-53701288 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P24 chr19: 53702750-53702808 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P25 chr19: 53706266-53706324 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P26 chr19: 53707468-53707527 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P27 chr19: 53708759-53708817 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P28 chr19: 53711017-53711075 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P29a chr19: 53712282-53712342 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P30 chr19: 53713361-53713422 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P31a chr19: 53716608-53716668 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P32 chr19: 53720111-53720170 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P29b chr19: 53721081-53721139 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P33a chr19: 53722182-53722241 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P34a chr19: 53725457-53725514 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P35 chr19: 53726928-53726982 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P36 chr19: 53729853-53729911 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P37a chr19: 53731019-53731078 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P38 chr19: 53734892-53734950 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P34b chr19: 53736860-53736922 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P37b chr19: 53739348-53739407 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P29c chr19: 53741332-53741390 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P33b chr19: 53742528-53742587 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P31b chr19: 53748650-53748710 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P39 chr19: 53751226-53751285 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P40a chr19: 53752410-53752470 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P37c chr19: 53754031-53754089 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P41b chr19: 53756756-53756818 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCAGAGCAAGAAGAUCUCAGGCUGUCGUCCUCUAGAGGGAAGCACUUUCUGUUGUCUGAAAGAAAAGAAAGUGCUUCCUUUUAGAGGGUUACCGUUUGAGAAAAGCAACAUUGAAGUUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50
GCCAGAGCAAGAAGAUC---| U CG GUUGUCU
UCAGGC GU UCCUCUAGAGGGAAGCACUUUCU \
AGUUUG CA GGGAGAUUUUCCUUCGUGAAAGA G
GUUGAAGUUACAACGAAAAG^ C UU AAAGAAA
. 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Hsa-Mir-430-P26_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0005455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCUAGAGGGAAGCACUUUCU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005455 TargetScanVert: hsa-miR-520c-5p TargetMiner: hsa-miR-520c-5p miRDB: MIMAT0005455 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Hsa-Mir-430-P26_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0002846 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAAGUGCUUCCUUUUAGAGGGU -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0002846 TargetScanVert: hsa-miR-520c-3p TargetMiner: hsa-miR-520c-3p miRDB: MIMAT0002846 |
