MirGeneDB ID | Pbv-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-875 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pbv-mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-875 Ami-Mir-875 Bta-Mir-875 Cfa-Mir-875 Cja-Mir-875 Cli-Mir-875 Cpi-Mir-875 Ebu-Mir-875 Eca-Mir-875 Ete-Mir-875 Gja-Mir-875 Hsa-Mir-875 Laf-Mir-875 Mdo-Mir-875 Mml-Mir-875 Mmr-Mir-875 Mmu-Mir-875 Mun-Mir-875 Oan-Mir-875 Ocu-Mir-875 Pab-Mir-875 Pma-Mir-875 Rno-Mir-875 Sha-Mir-875 Spt-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE953831.1: 12662-12720 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-875) |
Mir-599
KE953831.1: 12525-12583 [-]
Mir-875 KE953831.1: 12662-12720 [-] |
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Seed | AUACCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGCUUCAGGUUCUGUUGGUUUAGUGGUACAAUACCUCAGCCUUAUCAGGUGCUAUAUAUAUAUUCACCUGGAAGUUCUGAGGUUGAGUUUCACUGAACGUGAGCUUCAUGUUUACUACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUGCUUCAGGUUCUGUUG-- U AAU C-| A CUAUAU GUUUAGUGG AC ACCUCAG CUU UCAGGUG \ CAAGUCACU UG UGGAGUC GAA GGUCCAC A CAUCAUUUGUACUUCGAGUG U AGU UU^ - UUAUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pbv-Mir-875_5p |
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mirBase accession | MIMAT0039073 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUACCUCAGCCUUAUCAGGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Pbv-Mir-875_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCUGGAAGUUCUGAGGUUGAGU -59
Get sequence
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