| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-875 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUACCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-875 Ami-Mir-875 Bta-Mir-875 Cfa-Mir-875 Cli-Mir-875 Ebu-Mir-875 Ete-Mir-875 Gja-Mir-875 Hsa-Mir-875 Mdo-Mir-875 Mml-Mir-875 Mmu-Mir-875 Mun-Mir-875 Oan-Mir-875 Ocu-Mir-875 Pbv-Mir-875 Pma-Mir-875 Rno-Mir-875 Sha-Mir-875 Spt-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584588: 10453837-10453893 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-875) |
Mir-599
JH584588: 10453690-10453748 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-875 JH584588: 10453837-10453893 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UACUGGUUAUAUCAUGUAGUUUAGUGGUACAAUACCUCAGUCUUAUCAGGUGUUCUAUAAAUUCACCUGCAAAAACUGAGGUUGAGUUUCACUGAACACAGGCUUCAUGUUUCUCGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UACUGGUUAUAUCAUGUA--| U AAU CUUAU UUCUA GUUUAGUGG AC ACCUCAGU CAGGUG \ CAAGUCACU UG UGGAGUCA GUCCAC U UGCUCUUUGUACUUCGGACA^ U AGU AAAAC UUAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpi-Mir-875_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0037909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUACCUCAGUCUUAUCAGGUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpi-Mir-875_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CCUGCAAAAACUGAGGUUGAGU -57
Get sequence
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