MirGeneDB ID | Cli-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-875 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUACCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-875 Ami-Mir-875 Bta-Mir-875 Cfa-Mir-875 Cpi-Mir-875 Ebu-Mir-875 Ete-Mir-875 Gja-Mir-875 Hsa-Mir-875 Mdo-Mir-875 Mml-Mir-875 Mmu-Mir-875 Mun-Mir-875 Oan-Mir-875 Ocu-Mir-875 Pbv-Mir-875 Pma-Mir-875 Rno-Mir-875 Sha-Mir-875 Spt-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold1: 1574523-1574579 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-875) |
Mir-875
scaffold1: 1574523-1574579 [+]
Mir-599 scaffold1: 1574686-1574745 [+] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUUAGCUGAUUCACCUAGUUUAGUGGUACAAUACCUCAGUCUUUUCGGAUGUUCUAUAAAUUCACCUGGAAAUACUGAGGUUGCGUUUCACUGAACACAGACUUCACAUAUUUGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUUAGCUGAUUCACCUA--| U AAU C A UUCUA GUUUAGUGG AC ACCUCAGU UUUUCGG UG \ CAAGUCACU UG UGGAGUCA AAAGGUC AC U UAGUUUAUACACUUCAGACA^ U CGU U C UUAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cli-Mir-875_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038668 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUACCUCAGUCUUUUCGGAUG -22
Get sequence
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Star sequence | Cli-Mir-875_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038669 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CCUGGAAAUACUGAGGUUGCGU -57
Get sequence
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