MirGeneDB ID | Mdo-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-875 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUACCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mdo-mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-875 Ami-Mir-875 Bta-Mir-875 Cfa-Mir-875 Cli-Mir-875 Cpi-Mir-875 Ebu-Mir-875 Ete-Mir-875 Gja-Mir-875 Hsa-Mir-875 Mml-Mir-875 Mmu-Mir-875 Mun-Mir-875 Oan-Mir-875 Ocu-Mir-875 Pbv-Mir-875 Pma-Mir-875 Rno-Mir-875 Sha-Mir-875 Spt-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
3: 364601425-364601481 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-875) |
Mir-599
3: 364601270-364601328 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-875 3: 364601425-364601481 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUUGGAAGAUGUACACAGUUCUGUGGUACAAUACCUCAGUCUUAUCAGGUGUUAAUUAAAAUCACCUGGAAAUGCUGAGGUUGCGUUUCACUGAACUCAGGAGCCUCAAGAGGACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAUUGGAAGAUGUACAC--| U U AAU C A UUAAU AGUUC GUGG AC ACCUCAGU UU UCAGGUG \ UCAAG CACU UG UGGAGUCG AA GGUCCAC U ACAGGAGAACUCCGAGGAC^ U U CGU U A UAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mdo-Mir-875_5p |
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mirBase accession | MIMAT0012766 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUACCUCAGUCUUAUCAGGUG -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-875-5p |
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Star sequence | Mdo-Mir-875_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0026949 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CCUGGAAAUGCUGAGGUUGCGU -57
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-875-3p |