| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-599 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-599 Bta-Mir-599 Cfa-Mir-599 Cja-Mir-599 Cli-Mir-599 Cpi-Mir-599 Eca-Mir-599 Ete-Mir-599 Hsa-Mir-599 Laf-Mir-599 Lch-Mir-599 Mml-Mir-599 Mmr-Mir-599 Mmu-Mir-599 Mun-Mir-599 Neu-Mir-599 Oan-Mir-599 Ocu-Mir-599 Pab-Mir-599 Pbv-Mir-599 Sha-Mir-599 Spt-Mir-599 Tgu-Mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
3: 364601270-364601328 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-599) |
Mir-599
3: 364601270-364601328 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-875 3: 364601425-364601481 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UUGAUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUGAAAAGGACAAACUGUCCAGAGUGUGUUUGAUAAUCUGACAUGGGACAGAGGUUCUUUUCACUGUUGUGUCAGUUUAUCAAACCCAUACCUGGAUACCAGUCAGUACAGUUAAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAUGAAAAGGACAAAC-- A --| U GG AGGUU UGUCCAG GUGU GUUUGAUAA CUGACAU GACAG C AUAGGUC CAUA CAAACUAUU GACUGUG UUGUC U GGAAUUGACAUGACUGACC - CC^ U -- ACUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-599_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0026948 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAUAAUCUGACAUGGGACAG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-599-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-599_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0012765 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUUGUGUCAGUUUAUCAAACCC -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-599-3p |
