| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-599 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-599 Bta-Mir-599 Cfa-Mir-599 Cja-Mir-599 Cli-Mir-599 Eca-Mir-599 Ete-Mir-599 Hsa-Mir-599 Laf-Mir-599 Lch-Mir-599 Mdo-Mir-599 Mml-Mir-599 Mmr-Mir-599 Mmu-Mir-599 Mun-Mir-599 Neu-Mir-599 Oan-Mir-599 Ocu-Mir-599 Pab-Mir-599 Pbv-Mir-599 Sha-Mir-599 Spt-Mir-599 Tgu-Mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584588: 10453690-10453748 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-599) |
Mir-599
JH584588: 10453690-10453748 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-875 JH584588: 10453837-10453893 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UUGAUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUCUAAAAGAUAUACUGUCAAUAGUGUGUUUGAUAACCUGAUGUGGGACAGGAGUUCUUUUCACUGUUGUGUCAGUUUAUCAAACCCUGGAAGCCCCUGCAGAGUUCCAUUGCCCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAUCUAAAAGAUAUACU-----| CAA UGU C UG GG GGAGUU GU UAG GUUUGAUAA CUGA U GACA C CG GUC CAAACUAUU GACU G UUGU U UCCCCGUUACCUUGAGACGUCCC^ AAG C-- U GU -- CACUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpi-Mir-599_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAUAACCUGAUGUGGGACA -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpi-Mir-599_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0037906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUGUGUCAGUUUAUCAAACCC -59
Get sequence
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