| MirGeneDB ID | Ami-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-875 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-875 Bta-Mir-875 Cfa-Mir-875 Cja-Mir-875 Cli-Mir-875 Cpi-Mir-875 Ebu-Mir-875 Eca-Mir-875 Ete-Mir-875 Gja-Mir-875 Hsa-Mir-875 Laf-Mir-875 Mdo-Mir-875 Mml-Mir-875 Mmr-Mir-875 Mmu-Mir-875 Mun-Mir-875 Oan-Mir-875 Ocu-Mir-875 Pab-Mir-875 Pbv-Mir-875 Pma-Mir-875 Rno-Mir-875 Sha-Mir-875 Spt-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017712118.1: 18806611-18806667 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-875) |
Mir-875
NW_017712118.1: 18806611-18806667 [+]
UCSC
Mir-599 NW_017712118.1: 18806757-18806815 [+] UCSC |
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| Seed | AUACCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUUGCCCAUUUCAUAUAGUUUAGUGGUACAAUACCUCAGUCUUUUCAGGUGUUCUAUAAAAUCACCUGGAAAUAUUGAGGUUGAGUUUCACUGAACACAGGCUUCAUGUUUUUUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUUGCCCAUUUCAUAUA--| U AAU C UUCUA GUUUAGUGG AC ACCUCAGU UUUUCAGGUG \ CAAGUCACU UG UGGAGUUA AAAGGUCCAC U UGUUUUUUGUACUUCGGACA^ U AGU U UAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-875_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUACCUCAGUCUUUUCAGGUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-875_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CCUGGAAAUAUUGAGGUUGAGU -57
Get sequence
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