| MirGeneDB ID | Gja-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-875 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-875 Ami-Mir-875 Bta-Mir-875 Cfa-Mir-875 Cja-Mir-875 Cli-Mir-875 Cpi-Mir-875 Ebu-Mir-875 Eca-Mir-875 Ete-Mir-875 Hsa-Mir-875 Laf-Mir-875 Mdo-Mir-875 Mml-Mir-875 Mmr-Mir-875 Mmu-Mir-875 Mun-Mir-875 Oan-Mir-875 Ocu-Mir-875 Pab-Mir-875 Pbv-Mir-875 Pma-Mir-875 Rno-Mir-875 Sha-Mir-875 Spt-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015162481.1: 589653-589711 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUACCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGCUUCAGGCUCUGUUUGUUUAGCGGUACAAUACCUCAGCCUUAUCAGGUGUUCUAUAUAUAUUCACCUGGAAAUACUGAGGUUGAGUUUCACUGAACACAAACAUCACAUUCUCUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGCUUCAGGCUCUGUU--| C U AAU CC A UUCUAU UGUUUAG GG AC ACCUCAG UU UCAGGUG \ ACAAGUC CU UG UGGAGUC AA GGUCCAC A UUUCUCUUACACUACAAAC^ A U AGU AU A UUAUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gja-Mir-875_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUACCUCAGCCUUAUCAGGUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Gja-Mir-875_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUGGAAAUACUGAGGUUGAGU -59
Get sequence
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