MirGeneDB ID | Oan-Mir-875 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-875 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | oan-mir-875 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-875 Ami-Mir-875 Bta-Mir-875 Cfa-Mir-875 Cja-Mir-875 Cli-Mir-875 Cpi-Mir-875 Ebu-Mir-875 Eca-Mir-875 Ete-Mir-875 Gja-Mir-875 Hsa-Mir-875 Laf-Mir-875 Mdo-Mir-875 Mml-Mir-875 Mmr-Mir-875 Mmu-Mir-875 Mun-Mir-875 Ocu-Mir-875 Pab-Mir-875 Pbv-Mir-875 Pma-Mir-875 Rno-Mir-875 Sha-Mir-875 Spt-Mir-875 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041731.1: 62097582-62097638 [-] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-875) |
Mir-599
NC_041731.1: 62097434-62097493 [-]
Mir-875 NC_041731.1: 62097582-62097638 [-] |
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Seed | AUACCUC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAGUGAAAUUUCACCAAGUUUAGUGGUACAAUACCUCAGUCUUAUCAGGUGUUCUUUCAAUUCACCUGGCAAUACUGAGGUUGUGUCUCACUGAACACAGACUUCGUGGCUUCUGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUAGUGAAAUUUCACCAA--| GU AU C AU UUCUU GUUUAGUG ACA ACCUCAGU UU CAGGUG \ CAAGUCAC UGU UGGAGUCA AA GUCCAC U UGUCUUCGGUGCUUCAGACA^ UC GU U CG UUAAC 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Oan-Mir-875_5p (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0006830 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUACCUCAGUCUUAUCAGGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Oan-Mir-875_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0006831 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CCUGGCAAUACUGAGGUUGUGU -57
Get sequence
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