MirGeneDB ID | Mmu-Mir-34-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-34c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-34-P1 Mmu-Mir-34-P2a Mmu-Mir-34-P3a Mmu-Mir-34-P3b Mmu-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P2b Ami-Mir-34-P2b Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P2b Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P2b Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P2b Cmi-Mir-34-P2b Cpi-Mir-34-P2b Cpo-Mir-34-P2b Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P2b Dpu-Mir-34 Dre-Mir-34-P2b Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Ebu-Mir-34-P2b Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P2b Gga-Mir-34-P2b Gja-Mir-34-P2b Hsa-Mir-34-P2b Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P2b Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P2b Mdo-Mir-34-P2b Mml-Mir-34-P2b Mun-Mir-34-P2b Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P2b Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P2b Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P2b Pfl-Mir-34 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P2b Sha-Mir-34-P2b Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P2b Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P2b Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P2b Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P2b1a Xla-Mir-34-P2b1b Xla-Mir-34-P2b2a Xla-Mir-34-P2b2b Xtr-Mir-34-P2b1 Xtr-Mir-34-P2b2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr9: 51103044-51103098 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P2b) |
Mir-34-P2b
chr9: 51103044-51103098 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P2a chr9: 51103574-51103632 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUGCAUGCUUUUUUCUGAGUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUAAUAGUACCAAUCACUAACCACACAGCCAGGUAAAAAGACUGAAAUUCCUCCGACUGAGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACUGCAUGCUUUUUUCUG--| AG A A A C CUAA AGUCU UUACU GGC GUGU GUUAG UGAUUG U UCAGA AAUGG CCG CACA CAAUC ACUAAC A CCGAGUCAGCCUCCUUAAAG^ AA A A C - CAUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Mir-34-P2b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000381 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000381 TargetScanVert: mmu-miR-34c-5p miRDB: MIMAT0000381 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Mir-34-P2b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0004580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
33- AAUCACUAACCACACAGCCAGG -55
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004580 TargetScanVert: mmu-miR-34c-3p miRDB: MIMAT0004580 |