| MirGeneDB ID | Lpo-Mir-96-P1r | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Mir-96-P1r-v1 Lpo-Mir-96-P1s Lpo-Mir-96-P1t Lpo-Mir-96-P1u Lpo-Mir-96-P2r Lpo-Mir-96-P2s-v1 Lpo-Mir-96-P2t-v1 Lpo-Mir-96-P2u Lpo-Mir-96-P2v-v1 Lpo-Mir-96-P3r Lpo-Mir-96-P3s Lpo-Mir-96-P3t Lpo-Mir-96-P3u Lpo-Mir-96-P3v | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-96-P1 Ava-Mir-96-o1 Bfl-Mir-96-P1 Bla-Mir-96-P1 Bta-Mir-96-P1 Cfa-Mir-96-P1 Cin-Mir-96-P1 Cja-Mir-96-P1 Cli-Mir-96-P1 Cmi-Mir-96-P1 Cpi-Mir-96-P1 Cpo-Mir-96-P1 Cte-Mir-96-P1 Dno-Mir-96-P1 Eba-Mir-96-P1 Eca-Mir-96-P1 Efe-Mir-96-P1 Egr-Mir-96-P1 Ete-Mir-96-P1 Gga-Mir-96-P1 Gja-Mir-96-P1 Hsa-Mir-96-P1 Isc-Mir-96-P1 Laf-Mir-96-P1 Lan-Mir-96-P1 Lch-Mir-96-P1 Lhy-Mir-96-P1 Llo-Mir-96-P1 Loc-Mir-96-P1 Mdo-Mir-96-P1 Mml-Mir-96-P1 Mmr-Mir-96-P1 Mmu-Mir-96-P1 Mun-Mir-96-P1 Neu-Mir-96-P1 Oan-Mir-96-P1 Ocu-Mir-96-P1 Pab-Mir-96-P1 Pau-Mir-96-P1 Pbv-Mir-96-P1 Pca-Mir-96-P1 Pcr-Mir-96-P1 Pfl-Mir-96-P1 Pmi-Mir-96-P1 Rno-Mir-96-P1 Sha-Mir-96-P1 Sko-Mir-96-P1 Sma-Mir-96-P1 Snu-Mir-96-P1 Spt-Mir-96-P1 Spu-Mir-96-P1 Sro-Mir-96-P1 Sto-Mir-96-P1 Tgu-Mir-96-P1 War-Mir-96-P1 Xbo-Mir-96-P1 Xtr-Mir-96-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013665929.1: 529177-529235 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P1r-v2) |
Mir-96-P1r-v1
NW_013665929.1: 529176-529236 [-]
Ensembl
Mir-96-P1r-v2 NW_013665929.1: 529177-529235 [-] Ensembl Mir-96-P2r NW_013665929.1: 532168-532227 [-] Ensembl Mir-96-P3r NW_013665929.1: 544290-544349 [-] Ensembl |
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| Variant | Lpo-Mir-96-P1r-v2 |
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| Seed | UGGCACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGAACAAGCAAGAAUUACUCCUCCGUUCUUUGGCACUGGCACAUUUUUGUGUUUUAUUUCUACAACAAAGAUUGUGUUAGUGUCAAGCAACAUGGGGAGAUGAACAACAAAAUGAACAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50
UCGAACAAGCAAGAAUUA- C- C -| GUUUUA
CUCCUC GUU UUUGGCACUGGCAC AUUUUUGU U
GAGGGG CAA GAACUGUGAUUGUG UAGAAACA U
ACAAGUAAAACAACAAGUA UA C U^ ACAUCU
110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lpo-Mir-96-P1r-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGGCACUGGCACAUUUUUGU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Lpo-Mir-96-P1r-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAAGAUUGUGUUAGUGUCAAGC -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Lpo-Mir-96-P1r-v1 |
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| Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCGAACAAGCAAGAAUUACUCCUCCGUUCUUUGGCACUGGCACAUUUUUGUGUUUUAUUUCUACAACAAAGAUUGUGUUAGUGUCAAGCAACAUGGGGAGAUGAACAACAAAAUGAACAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50
UUCGAACAAGCAAGAAUUA- C- C -| GUUUUA
CUCCUC GUU UUUGGCACUGGCAC AUUUUUGU U
GAGGGG CAA GAACUGUGAUUGUG UAGAAACA U
AACAAGUAAAACAACAAGUA UA C U^ ACAUCU
. 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lpo-Mir-96-P1r-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGGCACUGGCACAUUUUUGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Lpo-Mir-96-P1r-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAAGAUUGUGUUAGUGUCAAGCA -61
Get sequence
|
