| MirGeneDB ID | Lpo-Mir-96-P1s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Mir-96-P1r-v1 Lpo-Mir-96-P1r-v2 Lpo-Mir-96-P1t Lpo-Mir-96-P1u Lpo-Mir-96-P2r Lpo-Mir-96-P2s-v1 Lpo-Mir-96-P2s-v2 Lpo-Mir-96-P2t-v1 Lpo-Mir-96-P2t-v2 Lpo-Mir-96-P2u Lpo-Mir-96-P2v-v1 Lpo-Mir-96-P2v-v2 Lpo-Mir-96-P3r Lpo-Mir-96-P3s Lpo-Mir-96-P3t Lpo-Mir-96-P3u Lpo-Mir-96-P3v | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-96-P1 Bfl-Mir-96-P1 Bla-Mir-96-P1 Bta-Mir-96-P1 Cfa-Mir-96-P1 Cin-Mir-96-P1 Cli-Mir-96-P1 Cmi-Mir-96-P1 Cpi-Mir-96-P1 Cpo-Mir-96-P1 Cte-Mir-96-P1 Dno-Mir-96-P1 Efe-Mir-96-P1 Ete-Mir-96-P1 Gga-Mir-96-P1 Gja-Mir-96-P1 Hsa-Mir-96-P1 Isc-Mir-96-P1 Lan-Mir-96-P1 Lch-Mir-96-P1 Loc-Mir-96-P1 Mdo-Mir-96-P1 Mml-Mir-96-P1 Mmu-Mir-96-P1 Mun-Mir-96-P1 Oan-Mir-96-P1 Ocu-Mir-96-P1 Pbv-Mir-96-P1 Pfl-Mir-96-P1 Pmi-Mir-96-P1 Rno-Mir-96-P1 Sha-Mir-96-P1 Sko-Mir-96-P1 Spt-Mir-96-P1 Spu-Mir-96-P1 Sto-Mir-96-P1 Tgu-Mir-96-P1 Xbo-Mir-96-P1 Xtr-Mir-96-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013666424.1: 67024-67083 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGACGUUUUCCUUCCUCCACUCUUCCAUUUUUUGGCACUAGCACAUUUUUGUGUUUAUUUUUACAACAAAAAUUGUACUAGUGUCAAGCAAUGUGGUGAGACGAACAACUGAAUAGCACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGACGUUUUCCUUCCUCCA- U - U C -| GUUUAU CUC UC CAUU UUUGGCACUAG AC AUUUUUGU \ GAG GG GUAA GAACUGUGAUC UG UAAAAACA U ACACGAUAAGUCAACAAGCA U U C A U^ ACAUUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lpo-Mir-96-P1s_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGGCACUAGCACAUUUUUGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Lpo-Mir-96-P1s_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAAAAUUGUACUAGUGUCAAGCA -60
Get sequence
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