MirGeneDB ID | Loc-Let-7-P2c1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAGUAG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Loc-Let-7-P1b Loc-Let-7-P1c Loc-Let-7-P1d Loc-Let-7-P2a1 Loc-Let-7-P2a2 Loc-Let-7-P2a3 Loc-Let-7-P2a4 Loc-Let-7-P2b1 Loc-Let-7-P2b2 Loc-Let-7-P2b3 Loc-Let-7-P2b4 Loc-Let-7-P2c2 Loc-Let-7-P2c3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2c1 Ami-Let-7-P2c1 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2c1 Cfa-Let-7-P2c1 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2c1 Cmi-Let-7-P2c1 Cpi-Let-7-P2c1 Cpo-Let-7-P2c1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2c1 Dpu-Let-7 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2c1 Gga-Let-7-P2c1 Gja-Let-7-P2c1 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2c1 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2c1 Lgi-Let-7 Mdo-Let-7-P2c1 Mml-Let-7-P2c1 Mmu-Let-7-P2c1 Mun-Let-7-P2c1 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2c1 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2c1 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2c1 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2c1 Sha-Let-7-P2c1 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2c1 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2c1 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2c1 Xbo-Let-7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (LepOcu1) |
LG5: 47689931-47690005 [-] Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAAAGUGAGAGGAAAGCUGGGCUCUUAGGUAGAAGUAGCAGGUUCCAUAGUUGUAGGGCAGCAAUCUUAUCCCACAGGAGGUAACUAUACAACCUGUUGCCUUUCUUAGUGCUACACGGUUACAGCUAUCUAAUUGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAAGUGAGAGGAAAGCUG---| U U U A CC GUAGGGCAGCAAUC GGC CU AGG AGA GUAGCAGGUU AUAGUU U UCG GA UUC UUU CGUUGUCCAA UAUCAA U UUAAUCUAUCGACAUUGGCACA^ U - - C CA UGGAGGACACCCUA 130 120 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | This might be an example of a recently lost miRNA gene as there are mutations in the seed and no reads detected in the small RNA library but possesses a canonical secondary structure. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Loc-Let-7-P2c1_5p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAAGUAGCAGGUUCCAUAGUU -22
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Loc-Let-7-P2c1_3p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
54- CUAUACAACCUGUUGCCUUUC -75
Get sequence
|