| MirGeneDB ID | Laf-Let-7-P2c1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Let-7-P1b Laf-Let-7-P1c Laf-Let-7-P1d Laf-Let-7-P2a1 Laf-Let-7-P2a2 Laf-Let-7-P2a3 Laf-Let-7-P2b1 Laf-Let-7-P2b2 Laf-Let-7-P2b3 Laf-Let-7-P2c2 Laf-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2c1 Aga-Let-7 Agr-Let-7 Ami-Let-7-P2c1 Bge-Let-7 Bko-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2c1 Cfa-Let-7-P2c1 Cja-Let-7-P2c1 Cli-Let-7-P2c1 Cmi-Let-7-P2c1 Cpi-Let-7-P2c1 Cpo-Let-7-P2c1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dlo-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2c1 Dpu-Let-7 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Eba-Let-7 Eca-Let-7-P2c1 Egr-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2c1 Gga-Let-7-P2c1 Gja-Let-7-P2c1 Gpa-Let-7 Gsa-Let-7 Gsp-Let-7 Hme-Let-7 Hmi-Let-7 Hru-Let-7 Hsa-Let-7-P2c1 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2c1 Lgi-Let-7 Lhy-Let-7 Llo-Let-7 Loc-Let-7-P2c1 Mdo-Let-7-P2c1 Mgi-Let-7 Mml-Let-7-P2c1 Mmr-Let-7-P2c1 Mmu-Let-7-P2c1 Mom-Let-7 Mun-Let-7-P2c1 Neu-Let-7-P2c1 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2c1 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2c1 Ofu-Let-7 Ovu-Let-7 Pab-Let-7-P2c1 Pau-Let-7 Pbv-Let-7-P2c1 Pca-Let-7 Pcr-Let-7 Pdu-Let-7 Pfl-Let-7 Ple-Let-7 Pmi-Let-7 Pve-Let-7 Rno-Let-7-P2c1 Rph-Let-7 Sha-Let-7-P2c1 Sko-Let-7 Sma-Let-7 Sne-Let-7 Snu-Let-7 Spt-Let-7-P2c1 Spu-Let-7 Sro-Let-7 Sto-Let-7-P2c1 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2c1 Tur-Let-7 War-Let-7 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010134.1: 182335-182409 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2c1) |
Let-7-P2c1
GL010134.1: 182335-182409 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b1 GL010134.1: 195672-195748 [-] UCSC Ensembl Let-7-P2a1 GL010134.1: 196075-196146 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCAACAAGAAACAAAGUGGGUUCCUAGGAAGAGGUAGUAGGUUGCAUAGUUUUAGGGCAGGGAUUUUGCCCACAAGGAGGUAACUAUACGACCUGCUGCCUUUCUUAGGGCCUUAUUAUUCUGCGGUAAUCUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCAACAAGAAACAAAGU---| U A C UUAGGGCAGGGAUU GGGU CCUAGGA GAGGUAGUAGGUUG AUAGUU U UCCG GGAUUCU UUCCGUCGUCCAGC UAUCAA U UGUCUAAUGGCGUCUUAUUAU^ - - A UGGAGGAACACCCG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | This is a Group 2 in human according to Kim et al. (2017) but because there is a templated 3' U it is not possible according to read data to classify it as such in other taxa although the secondary structure is consistent with this categorization. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Let-7-P2c1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Let-7-P2c1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
54- CUAUACGACCUGCUGCCUUUC -75
Get sequence
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