MirGeneDB 2.1
MirGeneDB ID

Lch-Mir-203

Family name MIR-203 (all species)
Seed UGAAAUG
Species Coelacanth (Latimeria chalumnae)
MiRBase ID
Paralogues
Orthologues Aca-Mir-203-v1  Aca-Mir-203-v2  Ami-Mir-203-v1  Ami-Mir-203-v2  Bta-Mir-203-v1  Bta-Mir-203-v2  Cfa-Mir-203-v1  Cfa-Mir-203-v2  Cmi-Mir-203-P5-v1  Cmi-Mir-203-P5-v2  Cmi-Mir-203-P6-v1  Cmi-Mir-203-P6-v2  Cpi-Mir-203-v1  Cpi-Mir-203-v2  Cpo-Mir-203-v1  Cpo-Mir-203-v2  Dno-Mir-203-v1  Dno-Mir-203-v2  Dre-Mir-203-P1-v1  Dre-Mir-203-P1-v2  Dre-Mir-203-P2-v1  Dre-Mir-203-P2-v2  Ebu-Mir-203-P3  Ebu-Mir-203-P4  Ete-Mir-203-v1  Ete-Mir-203-v2  Gga-Mir-203-v1  Gga-Mir-203-v2  Gja-Mir-203-v1  Gja-Mir-203-v2  Gmo-Mir-203-P1-v1  Gmo-Mir-203-P1-v2  Gmo-Mir-203-P2-v1  Gmo-Mir-203-P2-v2  Hsa-Mir-203-v1  Hsa-Mir-203-v2  Loc-Mir-203-v1  Loc-Mir-203-v2  Mal-Mir-203-P1-v1  Mal-Mir-203-P1-v2  Mal-Mir-203-P2-v1  Mal-Mir-203-P2-v2  Mdo-Mir-203-v1  Mdo-Mir-203-v2  Mml-Mir-203-v1  Mml-Mir-203-v2  Mmu-Mir-203-v1  Mmu-Mir-203-v2  Mun-Mir-203-v1  Mun-Mir-203-v2  Oan-Mir-203-v1  Oan-Mir-203-v2  Ocu-Mir-203-v1  Ocu-Mir-203-v2  Pbv-Mir-203-v1  Pbv-Mir-203-v2  Pma-Mir-203-o1  Pma-Mir-203-o2-v1  Pma-Mir-203-o2-v2  Pma-Mir-203-o3-v1  Pma-Mir-203-o3-v2  Rno-Mir-203-v1  Rno-Mir-203-v2  Sha-Mir-203-v1  Sha-Mir-203-v2  Spt-Mir-203  Sto-Mir-203-v1  Sto-Mir-203-v2  Tgu-Mir-203-v1  Tgu-Mir-203-v2  Tni-Mir-203-P2-v1  Tni-Mir-203-P2-v2  Xla-Mir-203-P7-v1  Xla-Mir-203-P7-v2  Xla-Mir-203-P8-v1  Xla-Mir-203-P8-v2  Xtr-Mir-203-v1  Xtr-Mir-203-v2 
Node of Origin (locus) Vertebrata
Node of Origin (family) Vertebrata
Genome context
(LatCha1_add)		 JH126579.1: 1348806-1348865 [-] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
AAACUGGACUCUGUAUUGUCUUUUUGGUGCAGUGGUUCUAAAUAGUUCAACAGUUCUCUACCAAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAUCAAGAAGGCCUUGACAUCAAACAAGAAC
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50          
AAACUGGACUCUGUAUU--|          GC              G    A   UUCUCU 
                   GUCUUUUUGGU  AGUGGUUCUAAAUA UUCA CAG      \
                   CGGAAGAACUA  UCACCAGGAUUUGU AAGU GUU      A
CAAGAACAAACUACAGUUC^          GU              A    -   AAAACC 
.       110       100        90        80        70
Deep sequencing
3' NTU Unknown
MotifsUG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17)
Star sequence

Lch-Mir-203_5p* (predicted)
mirBase accessionNone
Sequence 
0- AGUGGUUCUAAAUAGUUCAACAG -23
Get sequence
Mature sequence

Lch-Mir-203_3p (predicted)
mirBase accessionNone
Sequence 
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence