| MirGeneDB ID | Mal-Mir-203-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-203-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-203-P1-v1 Gmo-Mir-203-P1-v1 Lch-Mir-203 Pma-Mir-203-o1 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV885305.1: 49124-49184 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-P1-v1) |
Mir-203-P1-v2
KV885305.1: 49123-49185 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-203-P1-v1 KV885305.1: 49124-49184 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mal-Mir-203-P1-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGGUAGACGCAACUGAUCCUCUUUGGUCCAGUGGUUCUAGACAGUUCAACAGUAGUGAGUCCACCUUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAUCAGAGCGAAGGAACUGGCAUCUGGGAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGGUAGACGCAACUGA---| CU C G A GUAGUGA UC CUUUGGUC AGUGGUUCUAGACA UUCA CA G AG GAGACUAG UCACCAGGAUUUGU AAGU GU U GAAGGGUCUACGGUCAAGGA^ C- U A - UUCCACC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-203-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUAGACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-203-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -61
Get sequence
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| Variant | Mal-Mir-203-P1-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCGGUAGACGCAACUGAUCCUCUUUGGUCCAGUGGUUCUAGACAGUUCAACAGUAGUGAGUCCACCUUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAUCAGAGCGAAGGAACUGGCAUCUGGGAAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCGGUAGACGCAACUGAU ---| C G A GUAGUGA CCU CUUUGGUC AGUGGUUCUAGACA UUCA CA G GGA GAGACUAG UCACCAGGAUUUGU AAGU GU U CGAAGGGUCUACGGUCAA- AGC^ U A - UUCCACC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-203-P1-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUCUAGACAGUUCAACA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-203-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UGAAAUGUUUAGGACCACUUGA -63
Get sequence
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