| MirGeneDB ID | Mal-Mir-203-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-203-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-203-P2-v1 Gmo-Mir-203-P2-v1 Lch-Mir-203 Pma-Mir-203-o2-v1 Spt-Mir-203 Tni-Mir-203-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884701.1: 1040825-1040884 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-P2-v1) |
Mir-203-P2-v2
KV884701.1: 1040824-1040885 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-203-P2-v1 KV884701.1: 1040825-1040884 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mal-Mir-203-P2-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUAGAAGAAGUGCCUAGUCUCGCUGAUUAAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUUUGACAAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCAGUCAGACAAAUGCUGCCAGCUUUUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUAGAAGAAGUGCCUA--| C A U G A GUUCUUU GUCU GCUG UUAAGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CAGA UGAC AGUUCACCAGGA UUGU AAGU GU G AGUUUUCGACCGUCGUAAA^ C C U A - UAAAACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-203-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-203-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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| Variant | Mal-Mir-203-P2-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUAGAAGAAGUGCCUAGUCUCGCUGAUUAAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUUUGACAAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCAGUCAGACAAAUGCUGCCAGCUUUUGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCUAGAAGAAGUGCCUA--| C A U G A GUUCUUU GUCU GCUG UUAAGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CAGA UGAC AGUUCACCAGGA UUGU AAGU GU G AAGUUUUCGACCGUCGUAAA^ C C U A - UAAAACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-203-P2-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-203-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGAAAUGUUUAGGACCACUUGA -62
Get sequence
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