MirGeneDB ID | Cfa-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-203-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-203-v1 Ami-Mir-203-v1 Bta-Mir-203-v1 Cpi-Mir-203-v1 Cpo-Mir-203-v1 Dno-Mir-203-v1 Ete-Mir-203-v1 Gga-Mir-203-v1 Gja-Mir-203-v1 Hsa-Mir-203-v1 Lch-Mir-203 Loc-Mir-203-v1 Mdo-Mir-203-v1 Mml-Mir-203-v1 Mmu-Mir-203-v1 Mun-Mir-203-v1 Oan-Mir-203-v1 Ocu-Mir-203-v1 Pbv-Mir-203-v1 Rno-Mir-203-v1 Sha-Mir-203-v1 Spt-Mir-203 Sto-Mir-203-v1 Tgu-Mir-203-v1 Xtr-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr8: 71774264-71774323 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v1) |
Mir-203-v1
chr8: 71774264-71774323 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-203-v2 chr8: 71774264-71774323 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCCCGCGGACUUCCCGGCGCGCUGGGUCCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUGUAGCGCAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUAGCCCCGGCGGGCCCGGCGGCGGCGGCCGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGCCCGCGGACUUCCCG--| G UCC U G A UUCUGU GC CGCUGGG AGUGGUUCU AACA UUCA CAG \ CG GCGGCCC UCACCAGGA UUGU AAGU GUU A CAGGCCGGCGGCGGCGGCC^ G CGA U A - AACGCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-203-v1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-203-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUAG -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-203 miRDB: MIMAT0009866 |