| MirGeneDB ID | Ami-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-203-v1 Bta-Mir-203-v1 Cfa-Mir-203-v1 Cja-Mir-203-v1 Cpi-Mir-203-v1 Cpo-Mir-203-v1 Dno-Mir-203-v1 Eca-Mir-203-v1 Ete-Mir-203-v1 Gga-Mir-203-v1 Gja-Mir-203-v1 Hsa-Mir-203-v1 Lch-Mir-203 Loc-Mir-203-v1 Mdo-Mir-203-v1 Mml-Mir-203-v1 Mmr-Mir-203-v1 Mmu-Mir-203-v1 Mun-Mir-203-v1 Neu-Mir-203-v1 Oan-Mir-203-v1 Ocu-Mir-203-v1 Pab-Mir-203-v1 Pbv-Mir-203-v1 Rno-Mir-203-v1 Sha-Mir-203-v1 Spt-Mir-203 Sto-Mir-203-v1 Tgu-Mir-203-v1 Xtr-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017714221.1: 9204428-9204487 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v1) |
Mir-203-v2
NW_017714221.1: 9204427-9204487 [-]
UCSC
Mir-203-v1 NW_017714221.1: 9204428-9204487 [-] UCSC |
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| Variant | Ami-Mir-203-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAGCGGGCGCUCUCCGCCUCGCGGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUUUAGGCUAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCCGCGAGGCGCCGCCGGCGGAUGCCCCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGAGCGGGCGCUCUCC--| GC U G A UUCUUU GCCUCGCGGGU AGUGGUUCU AACA UUCA CAG \ CGGAGCGCCCA UCACCAGGA UUGU AAGU GUU A GCCCCGUAGGCGGCCGCCG^ GU U A - AAUCGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-203-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-203-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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| Variant | Ami-Mir-203-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAGCGGGCGCUCUCCGCCUCGCGGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUUUAGGCUAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCCGCGAGGCGCCGCCGGCGGAUGCCCCGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGAGCGGGCGCUCUCC---| GC U G A GUUCUUU GCCUCGCGGGU AGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CGGAGCGCCCA UCACCAGGA UUGU AAGU GU A GGCCCCGUAGGCGGCCGCCG^ GU U A - UAAUCGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Unlike most other vertebrates this appears to be a separate DICER cut in addition to a 3' monouridylation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-203-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-203-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUUGA -61
Get sequence
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