| MirGeneDB ID | Gja-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-203-v1 Ami-Mir-203-v1 Bta-Mir-203-v1 Cfa-Mir-203-v1 Cja-Mir-203-v1 Cpi-Mir-203-v1 Cpo-Mir-203-v1 Dno-Mir-203-v1 Eca-Mir-203-v1 Ete-Mir-203-v1 Gga-Mir-203-v1 Hsa-Mir-203-v1 Lch-Mir-203 Loc-Mir-203-v1 Mdo-Mir-203-v1 Mml-Mir-203-v1 Mmr-Mir-203-v1 Mmu-Mir-203-v1 Mun-Mir-203-v1 Neu-Mir-203-v1 Oan-Mir-203-v1 Ocu-Mir-203-v1 Pab-Mir-203-v1 Pbv-Mir-203-v1 Rno-Mir-203-v1 Sha-Mir-203-v1 Spt-Mir-203 Sto-Mir-203-v1 Tgu-Mir-203-v1 Xtr-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015170282.1: 207477-207536 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v1) |
Mir-203-v1
NW_015170282.1: 207477-207536 [-]
Mir-203-v2 NW_015170282.1: 207477-207536 [-] |
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| Variant | Gja-Mir-203-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGCGACUCCGACAGCAGCCCCCUGGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUGUAGCAUAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAGCCGGGGCGGCCUGGGCACCGCCGAGGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGCGACUCCGACAGCA- -| GUG - U G A UUCUGU GCC CCCUGG CA GUGGUUCU AACA UUCA CAG \ CGG GGGGCC GU CACCAGGA UUGU AAGU GUU A GAGGAGCCGCCACGGGUC C^ GA- U U A - AAUACG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gja-Mir-203-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gja-Mir-203-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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| Variant | Gja-Mir-203-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGCGACUCCGACAGCAGCCCCCUGGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUGUAGCAUAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAGCCGGGGCGGCCUGGGCACCGCCGAGGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGCGACUCCGACAGCA- -| GUG - U G A GUUCUGU GCC CCCUGG CA GUGGUUCU AACA UUCA CA \ CGG GGGGCC GU CACCAGGA UUGU AAGU GU A GAGGAGCCGCCACGGGUC C^ GA- U U A - UAAUACG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gja-Mir-203-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gja-Mir-203-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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