| MirGeneDB ID | Dsi-Mir-67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-67 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dsi-mir-307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dsi-Mir-67-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-67 Bge-Mir-67 Cbr-Mir-67 Cel-Mir-67 Cte-Mir-67 Dgr-Mir-67 Dma-Mir-67 Dpu-Mir-67 Egr-Mir-67 Gsa-Mir-67 Hru-Mir-67 Isc-Mir-67 Lan-Mir-67 Lgi-Mir-67 Npo-Mir-67 Obi-Mir-67 Ofu-Mir-67 Ovu-Mir-67 Pau-Mir-67 Pca-Mir-67 Pdu-Mir-67 Sma-Mir-67 Sme-Mir-67 Snu-Mir-67 Tur-Mir-67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2R: 6294339-6294404 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-67-v3) |
Mir-67-v1
2R: 6294339-6294404 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-67-v2 2R: 6294339-6294404 [-] UCSC Ensembl Mir-67-v3 2R: 6294339-6294404 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dsi-Mir-67-v3 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAACCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAAAGUUAGCAGCAUUUUGUCUUGCUUUGACUCACUCAACCUGGGUGUGAUGUUAUUUCGAUAUGGUAUCCAUCACAACCUCCUUGAGUGAGCGAUAGCAGGACAGAGUAUCCACAAAGCUAACAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAAAGUUAGCAGCAUU-- -| A CCU G UGUUAUUUCG UUGUCUUGCU UUG CUCACUCAA GG UGUGA A GACAGGACGA AGC GAGUGAGUU CC ACACU U ACAAUCGAAACACCUAUGA U^ - CCU A ACCUAUGGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dsi-Mir-67-v3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCACUCAACCUGGGUGUGA -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dsi-Mir-67-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0008884 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- ACAACCUCCUUGAGUGAGCGA -66
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dsi-Mir-67-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAAAGUUAGCAGCAUUUUGUCUUGCUUUGACUCACUCAACCUGGGUGUGAUGUUAUUUCGAUAUGGUAUCCAUCACAACCUCCUUGAGUGAGCGAUAGCAGGACAGAGUAUCCACAAAGCUAACAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAAAGUUAGCAGCAUU-- -| A CCU G UUAUUUCG UUGUCUUGCU UUG CUCACUCAA GG UGUGAUG A GACAGGACGA AGC GAGUGAGUU CC ACACUAC U ACAAUCGAAACACCUAUGA U^ - CCU A CUAUGGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dsi-Mir-67-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCACUCAACCUGGGUGUGAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dsi-Mir-67-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0008884 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UCACAACCUCCUUGAGUGAGCGA -66
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dsi-Mir-67-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAACCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAAAGUUAGCAGCAUUUUGUCUUGCUUUGACUCACUCAACCUGGGUGUGAUGUUAUUUCGAUAUGGUAUCCAUCACAACCUCCUUGAGUGAGCGAUAGCAGGACAGAGUAUCCACAAAGCUAACAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAAAGUUAGCAGCAUU-- -| A CCU G GUUAUUUCG UUGUCUUGCU UUG CUCACUCAA GG UGUGAU A GACAGGACGA AGC GAGUGAGUU CC ACACUA U ACAAUCGAAACACCUAUGA U^ - CCU A CCUAUGGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dsi-Mir-67-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCACUCAACCUGGGUGUGAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dsi-Mir-67-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0008884 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- CACAACCUCCUUGAGUGAGCGA -66
Get sequence
|
