| MirGeneDB ID | Dme-Mir-2-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-2a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-2-P1-v1 Dme-Mir-2-P2a Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P3b Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dme-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P6a Dme-Mir-2-P6b Dme-Mir-2-P6c Dme-Mir-2-P7 Dme-Mir-2-P8-v1 Dme-Mir-2-P9-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P4-v1 Bge-Mir-2-P4-v1 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Dan-Mir-2-P4a-v1 Dma-Mir-2-P4 Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dpu-Mir-2-P4 Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4a-v1 Gpa-Mir-2-P4a-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P4 Isc-Mir-2-P4 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2L: 19569901-19569966 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4a-v2) |
Mir-2-P4b-v1
2L: 19569495-19569554 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P4b-v2 2L: 19569495-19569554 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P4a-v1 2L: 19569901-19569966 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P4a-v2 2L: 19569901-19569966 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P3b 2L: 19570188-19570256 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dme-Mir-2-P4a-v2 |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAAAACUAUAUUGGCGCAUUCAUGCUGGGCUCUCAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUUUCCGCUUUGCGCGGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGUAUCGUACAUCAAAUCAUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAAAACUAUAUUGGCG--- C - -| AAUGCAUUUCCG CAUU AUGCUGGGCUC UCAAAG UGGUUGUGA C GUAA UGCGAUUCGAG AGUUUC ACCGACACU U AAUACUAAACUACAUGCUAU - U G^ AUACGGCGCGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dme-Mir-2-P4a-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCUCAAAGUGGUUGUGAAA -20
Get sequence
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| Mature sequence | Dme-Mir-2-P4a-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -66
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000106 |
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| Variant | Dme-Mir-2-P4a-v1 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAAAACUAUAUUGGCGCAUUCAUGCUGGGCUCUCAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUUUCCGCUUUGCGCGGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGUAUCGUACAUCAAAUCAUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAAAACUAUAUUGGCG--- C - -| A CAUUUCCG CAUU AUGCUGGGCUC UCAAAG UGGUUGUGA AUG C GUAA UGCGAUUCGAG AGUUUC ACCGACACU UAC U AAUACUAAACUACAUGCUAU - U G^ A GGCGCGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dme-Mir-2-P4a-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCUCAAAGUGGUUGUGAAAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dme-Mir-2-P4a-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -66
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000106 |
