| MirGeneDB ID | Cmi-Mir-204-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-204 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Australian ghostshark (Callorhinchus milii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cmi-Mir-204-P2 Cmi-Mir-204-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-204-P1 Ami-Mir-204-P1 Bta-Mir-204-P1 Cfa-Mir-204-P1 Cja-Mir-204-P1 Cli-Mir-204-P1 Cpi-Mir-204-P1 Cpo-Mir-204-P1 Dno-Mir-204-P1 Dre-Mir-204-P1a Dre-Mir-204-P1b Ebu-Mir-204 Eca-Mir-204-P1 Gga-Mir-204-P1 Gja-Mir-204-P1 Gmo-Mir-204-P1a Gmo-Mir-204-P1b Hsa-Mir-204-P1 Laf-Mir-204-P1 Lch-Mir-204-P1 Loc-Mir-204-P1 Mal-Mir-204-P1a Mdo-Mir-204-P1 Mml-Mir-204-P1 Mmr-Mir-204-P1 Mmu-Mir-204-P1 Mun-Mir-204-P1 Neu-Mir-204-P1 Oan-Mir-204-P1 Ocu-Mir-204-P1 Pab-Mir-204-P1 Pbv-Mir-204-P1 Pma-Mir-204 Rno-Mir-204-P1 Sha-Mir-204-P1 Spt-Mir-204-P1 Sto-Mir-204-P1 Tgu-Mir-204-P1 Tni-Mir-204-P1a Xla-Mir-204-P1c Xla-Mir-204-P1d Xtr-Mir-204-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3) |
KI635859.1: 11321625-11321682 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCCCUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAUGUCCACAACUGUGUGACCUGUGGGUUUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCUGGGAGUAUCAGUGAGGCAGGGGGGACAAAGGGGUGCUCAGCUGUCAACUCCAACAGCAGCUACUGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGGAUGUCCACAACUGUG--| CUG U A A GGGAGU UGAC UGGGU UCCCUUUGUC UCCU UGCCU \ ACUG ACUCG GGGGAAACAG GGGG ACGGA A GGUCAUCGACGACAACCUCA^ UCG U - G GUGACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | The 3' end of the 5p arm although templated appears to be monouridylated as it generates a 3 nt Dicer offset. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cmi-Mir-204-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cmi-Mir-204-P1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GCAGGGGGGACAAAGGGGUGC -58
Get sequence
|
