| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-204-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-204 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-204-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-204-P2 Tgu-Mir-204-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-204-P1 Ami-Mir-204-P1 Bta-Mir-204-P1 Cfa-Mir-204-P1 Cja-Mir-204-P1 Cli-Mir-204-P1 Cmi-Mir-204-P1 Cpi-Mir-204-P1 Cpo-Mir-204-P1 Dno-Mir-204-P1 Dre-Mir-204-P1a Dre-Mir-204-P1b Ebu-Mir-204 Eca-Mir-204-P1 Gga-Mir-204-P1 Gja-Mir-204-P1 Gmo-Mir-204-P1a Gmo-Mir-204-P1b Hsa-Mir-204-P1 Laf-Mir-204-P1 Lch-Mir-204-P1 Loc-Mir-204-P1 Mal-Mir-204-P1a Mdo-Mir-204-P1 Mml-Mir-204-P1 Mmr-Mir-204-P1 Mmu-Mir-204-P1 Mun-Mir-204-P1 Neu-Mir-204-P1 Oan-Mir-204-P1 Ocu-Mir-204-P1 Pab-Mir-204-P1 Pbv-Mir-204-P1 Pma-Mir-204 Rno-Mir-204-P1 Sha-Mir-204-P1 Spt-Mir-204-P1 Sto-Mir-204-P1 Tni-Mir-204-P1a Xla-Mir-204-P1c Xla-Mir-204-P1d Xtr-Mir-204-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
10: 6213146-6213203 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCCCUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGCUACUGAGACCAUGUGACCUGUGGGCUUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCUGGAGAUCACAGUGAGGCAGGGACAGCAAAGGGAUGCUCAGCUGUCGUCUCUUCCAUCGGCCAACCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGGCUACUGAGACCAUG--| CUG U CA A GGAGAU UGAC UGGGC UCCCUUUGU UCCU UGCCU \ GCUG ACUCG AGGGAAACG AGGG ACGGA C ACCAACCGGCUACCUUCUCU^ UCG U AC - GUGACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tgu-Mir-204-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0014570 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tgu-Mir-204-P1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GCAGGGACAGCAAAGGGAUGC -58
Get sequence
|
