| MirGeneDB ID | Cmi-Mir-204-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-204 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Australian ghostshark (Callorhinchus milii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cmi-Mir-204-P1 Cmi-Mir-204-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-204-P2 Ami-Mir-204-P2 Bta-Mir-204-P2 Cfa-Mir-204-P2 Cja-Mir-204-P2 Cli-Mir-204-P2 Cpi-Mir-204-P2 Cpo-Mir-204-P2 Dno-Mir-204-P2 Dre-Mir-204-P2 Ebu-Mir-204 Eca-Mir-204-P2 Ete-Mir-204-P2 Gga-Mir-204-P2 Gja-Mir-204-P2 Gmo-Mir-204-P2 Hsa-Mir-204-P2 Laf-Mir-204-P2 Lch-Mir-204-P2 Loc-Mir-204-P2 Mal-Mir-204-P2 Mdo-Mir-204-P2 Mml-Mir-204-P2 Mmr-Mir-204-P2 Mmu-Mir-204-P2 Mun-Mir-204-P2 Neu-Mir-204-P2 Oan-Mir-204-P2 Ocu-Mir-204-P2 Pab-Mir-204-P2 Pbv-Mir-204-P2 Pma-Mir-204 Rno-Mir-204-P2 Sha-Mir-204-P2 Spt-Mir-204-P2 Sto-Mir-204-P2 Tgu-Mir-204-P2 Tni-Mir-204-P2 Xla-Mir-204-P2a Xla-Mir-204-P2b Xtr-Mir-204-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3) |
KI636021.1: 267272-267331 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCCCUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCAACCAUCCAUGUGAGUGGCCCAUGGGCUUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCUGAAAUUAUAUGAAGGGGGCUGGGAAGGCAAAGGGAUGUUCAAGUGUCAUCAGUGGCAUCGCUUGAUCGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGCAACCAUCCAUGUGA--| CCA U A U GAAAUUA GUGGC UGGGC UCCCUUUGUC UCCUA GCCU \ UACUG ACUUG AGGGAAACGG AGGGU CGGG U GCUAGUUCGCUACGGUGAC^ UGA U A - GGAAGUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | The 3' end of the 5p arm although templated appears to be monouridylated as it generates a 3 nt Dicer offset. There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cmi-Mir-204-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cmi-Mir-204-P2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCUGGGAAGGCAAAGGGAUGU -60
Get sequence
|
