MirGeneDB ID | Mdo-Mir-204-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-204 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mdo-Mir-204-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-204-P2 Ami-Mir-204-P2 Bta-Mir-204-P2 Cfa-Mir-204-P2 Cja-Mir-204-P2 Cli-Mir-204-P2 Cmi-Mir-204-P2 Cpi-Mir-204-P2 Cpo-Mir-204-P2 Dno-Mir-204-P2 Dre-Mir-204-P2 Ebu-Mir-204 Eca-Mir-204-P2 Ete-Mir-204-P2 Gga-Mir-204-P2 Gja-Mir-204-P2 Gmo-Mir-204-P2 Hsa-Mir-204-P2 Laf-Mir-204-P2 Lch-Mir-204-P2 Loc-Mir-204-P2 Mal-Mir-204-P2 Mml-Mir-204-P2 Mmr-Mir-204-P2 Mmu-Mir-204-P2 Mun-Mir-204-P2 Neu-Mir-204-P2 Oan-Mir-204-P2 Ocu-Mir-204-P2 Pab-Mir-204-P2 Pbv-Mir-204-P2 Pma-Mir-204 Rno-Mir-204-P2 Sha-Mir-204-P2 Spt-Mir-204-P2 Sto-Mir-204-P2 Tgu-Mir-204-P2 Tni-Mir-204-P2 Xla-Mir-204-P2a Xla-Mir-204-P2b Xtr-Mir-204-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
6: 95848849-95848908 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCCCUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGACUACAGUCUCCAUGUGACUCGUGGACUUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCUGAGAAUAUAUGAAGGGGGCUGGGAAGGCAAAGGGACGUUCAAUCGUCAUCACUGGCAUCUCUCUUGAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUGACUACAGUCUCCAU--| UCG U A U GAGAAUA GUGAC UGGAC UCCCUUUGUC UCCUA GCCU \ UACUG ACUUG AGGGAAACGG AGGGU CGGG U UAGUUCUCUCUACGGUCAC^ CUA C A - GGAAGUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mdo-Mir-204-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mdo-Mir-204-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCUGGGAAGGCAAAGGGACGU -60
Get sequence
|