| MirGeneDB ID | Cja-Mir-10-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-10-P1b-v1 Cja-Mir-10-P2b Cja-Mir-10-P2c Cja-Mir-10-P2d Cja-Mir-10-P3b Cja-Mir-10-P3c Cja-Mir-10-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P1-v1 Aca-Mir-10-P1c-v1 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P1-v1 Agr-Mir-10-P1 Ami-Mir-10-P1c-v1 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P1 Bfl-Mir-10-P1-v1 Bge-Mir-10-P1-v1 Bla-Mir-10-P1-v1 Bta-Mir-10-P1c-v1 Cbr-Mir-10-P1 Cel-Mir-10-P1 Cfa-Mir-10-P1c-v1 Cli-Mir-10-P1c-v1 Cmi-Mir-10-P1c-v1 Cpi-Mir-10-P1c-v1 Cpo-Mir-10-P1c-v1 Cte-Mir-10-P1 Dan-Mir-10-P1 Dgr-Mir-10-P1 Dlo-Mir-10-P1-v1 Dma-Mir-10-P1-v1 Dme-Mir-10-P1 Dmo-Mir-10-P1 Dno-Mir-10-P1c-v1 Dpu-Mir-10-P1-v1 Dre-Mir-10-P1c1-v1 Dre-Mir-10-P1c2-v1 Dsi-Mir-10-P1 Dya-Mir-10-P1 Eba-Mir-10-P1 Eca-Mir-10-P1c-v1 Efe-Mir-10-P1 Egr-Mir-10-P1 Ete-Mir-10-P1c-v1 Gga-Mir-10-P1c-v1 Gja-Mir-10-P1c-v1 Gmo-Mir-10-P1c1-v1 Gmo-Mir-10-P1c2-v1 Gpa-Mir-10-P1 Gsp-Mir-10-P1 Hme-Mir-10-P1-v1 Hru-Mir-10-P1 Hsa-Mir-10-P1c-v1 Isc-Mir-10-P1-v1 Laf-Mir-10-P1c-v1 Lch-Mir-10-P1c Lgi-Mir-10-P1 Lhy-Mir-10-P1 Llo-Mir-10-P1 Loc-Mir-10-P1c-v1 Mal-Mir-10-P1c1-v1 Mal-Mir-10-P1c2a-v1 Mal-Mir-10-P1c2b-v1 Mdo-Mir-10-P1c-v1 Mgi-Mir-10-P1 Mml-Mir-10-P1c-v1 Mmr-Mir-10-P1c-v1 Mmu-Mir-10-P1c-v1 Mom-Mir-10-P1 Mun-Mir-10-P1c-v1 Neu-Mir-10-P1c-v1 Npo-Mir-10-P1 Nve-Mir-10 Oan-Mir-10-P1c-v1 Ocu-Mir-10-P1c-v1 Ofu-Mir-10-P1 Pab-Mir-10-P1c-v1 Pau-Mir-10-P1 Pbv-Mir-10-P1c-v1 Pca-Mir-10-P1 Pdu-Mir-10-P1 Pfl-Mir-10-P1 Pmi-Mir-10-P1 Pve-Mir-10-P1 Rno-Mir-10-P1c-v1 Rph-Mir-10-P1 Sha-Mir-10-P1c-v1 Sko-Mir-10-P1 Sma-Mir-10-P1 Snu-Mir-10-P1 Spt-Mir-10-P1c Spu-Mir-10-P1 Sto-Mir-10-P1c-v1 Tca-Mir-10-P1-v1 Tgu-Mir-10-P1c-v1 Tni-Mir-10-P1c1-v1 Tni-Mir-10-P1c2-v1 War-Mir-10-P1 Xbo-Mir-10-P1 Xla-Mir-10-P1c3-v1 Xla-Mir-10-P1c4-v1 Xtr-Mir-10-P1c-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021919.1: 113782012-113782074 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P1c-v1) |
Mir-10-P1c-v1
CM021919.1: 113782012-113782074 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-10-P1c-v2 CM021919.1: 113782013-113782073 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cja-Mir-10-P1c-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCAAGAAGAUCUGUCUGUCUUCUGUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAGGAAUUUUGUGGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACACUCCGCUCAUAUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCCAAGAAGAUCUGUC--| UU A G C GUAAGGAA UGUC CUGUAUAU CCCU UAGAU CGAAUUUGU U ACAG GAUGUAUA GGGG AUCUA GCUUAAACA U UUAUACUCGCCUCACAAAU^ UU A - U CUGGUGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | The fold pattern in mirMiner would imply that the 3' end of the 3p arm is 2 nt too short; when folded by mFold, the 3' end is the correct length. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cja-Mir-10-P1c-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCUGUAGAUCCGAAUUUGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cja-Mir-10-P1c-v1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AAAUUCGUAUCUAGGGGAAUA -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cja-Mir-10-P1c-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCAAGAAGAUCUGUCUGUCUUCUGUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAGGAAUUUUGUGGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACACUCCGCUCAUAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCAAGAAGAUCUGUCU--| UU A G C UAAGGAA GUC CUGUAUAU CCCU UAGAU CGAAUUUGUG U CAG GAUGUAUA GGGG AUCUA GCUUAAACAC U UAUACUCGCCUCACAAAUA^ UU A - U UGGUGUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cja-Mir-10-P1c-v2_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cja-Mir-10-P1c-v2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAAAUUCGUAUCUAGGGGAAU -61
Get sequence
|
