MirGeneDB ID | Bta-Mir-10-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-99a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-10-P1b-v1 Bta-Mir-10-P1b-v2 Bta-Mir-10-P1c-v1 Bta-Mir-10-P1c-v2 Bta-Mir-10-P2b Bta-Mir-10-P2d Bta-Mir-10-P3b Bta-Mir-10-P3c Bta-Mir-10-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-10-P2 Aca-Mir-10-P2c Ami-Mir-10-P2c Bfl-Mir-10-P2-v1 Bfl-Mir-10-P2-v2 Bge-Mir-10-P2 Bla-Mir-10-P2-v1 Bla-Mir-10-P2-v2 Bpl-Mir-10-P2 Cbr-Mir-10-P2 Cel-Mir-10-P2 Cfa-Mir-10-P2c Cgi-Mir-10-P2 Cin-Mir-10-P2 Cli-Mir-10-P2c Cmi-Mir-10-P2c Cpi-Mir-10-P2c Cpo-Mir-10-P2c Cte-Mir-10-P2 Dan-Mir-10-P2 Dma-Mir-10-P2 Dme-Mir-10-P2 Dmo-Mir-10-P2 Dno-Mir-10-P2c Dpu-Mir-10-P2 Dre-Mir-10-P2c1 Dre-Mir-10-P2c2 Dsi-Mir-10-P2 Dya-Mir-10-P2 Ete-Mir-10-P2c Gga-Mir-10-P2c Gja-Mir-10-P2c Gmo-Mir-10-P2c2 Hsa-Mir-10-P2c Isc-Mir-10-P2 Lan-Mir-10-P2 Lch-Mir-10-P2c Lgi-Mir-10-P2 Loc-Mir-10-P2c Mal-Mir-10-P2c2 Mml-Mir-10-P2c Mmu-Mir-10-P2c Mun-Mir-10-P2c Npo-Mir-10-P2 Nve-Mir-10 Oan-Mir-10-P2c Obi-Mir-10-P2 Ocu-Mir-10-P2c Ovu-Mir-10-P2 Pbv-Mir-10-P2c Pfl-Mir-10-P2 Pmi-Mir-10-P2 Rno-Mir-10-P2c Sha-Mir-10-P2c Sko-Mir-10-P2 Spt-Mir-10-P2c Sto-Mir-10-P2c Tca-Mir-10-P2 Tgu-Mir-10-P2c Xbo-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2-as Xla-Mir-10-P2c3 Xla-Mir-10-P2c4 Xtr-Mir-10-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037328.1: 20435353-20435411 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P2c) |
Mir-10-P3c
NC_037328.1: 20385513-20385573 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P1c NC_037328.1: 20434624-20434690 [-] UCSC Ensembl Mir-10-P2c NC_037328.1: 20435353-20435411 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCCCACGUGAGACGUUGCCCAUUGGCAUAAACCCGUAGAUCCGAUCUUGUGGUGAAGUGGACCGCACAAGCUCGCUUCUAUGGGUCUGUGUCAGUGUGGUAAUCUGACAAAAUGCAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGCCCACGUGAGACGUU- -| A UC U GUGAAG GCC CAUUGGCAUA ACCCGUAGA CGA CUUGUG \ UGG GUGACUGUGU UGGGUAUCU GCU GAACAC U UAACGUAAAACAGUCUAA U^ C UC C GCCAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | Based on the 3' moR reads in human (P2b) and platypus (P2c) it appears that this is a Group 2 miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bta-Mir-10-P2c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003537 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACCCGUAGAUCCGAUCUUGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-99a-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bta-Mir-10-P2c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0012533 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAAGCUCGCUUCUAUGGGUCUG -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-99a-3p |