| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-132-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-132 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-132-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-132-P2 Ami-Mir-132-P2 Bta-Mir-132-P2 Cfa-Mir-132-P2 Cja-Mir-132-P2 Cmi-Mir-132-P2 Cpi-Mir-132-P2 Cpo-Mir-132-P2 Dno-Mir-132-P2 Dre-Mir-132-P2a Dre-Mir-132-P2b Eca-Mir-132-P2 Gga-Mir-132-P2 Gja-Mir-132-P2 Gmo-Mir-132-P2a Gmo-Mir-132-P2b Hsa-Mir-132-P2 Laf-Mir-132-P2 Lch-Mir-132-P2 Loc-Mir-132-P2 Mal-Mir-132-P2a Mal-Mir-132-P2b Mdo-Mir-132-P2 Mml-Mir-132-P2 Mmr-Mir-132-P2 Mmu-Mir-132-P2 Mun-Mir-132-P2 Neu-Mir-132-P2 Oan-Mir-132-P2 Ocu-Mir-132-P2 Pab-Mir-132-P2 Pbv-Mir-132-P2 Pma-Mir-132-o2 Rno-Mir-132-P2 Sha-Mir-132-P2 Spt-Mir-132-P2 Tgu-Mir-132-P2 Tni-Mir-132-P2a Tni-Mir-132-P2b Xla-Mir-132-P2c Xla-Mir-132-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 27657646-27657714 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-132-P2) |
Mir-132-P2
chr2: 27657646-27657714 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P1 chr2: 27663375-27663433 [+] UCSC Ensembl Mir-2184 chr2: 27689436-27689495 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CCUUGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAUGCUCACCUAAUGGUCAUUGCAUCGGCACCUUGGCUCUAGACUGCUUACUGUGAAACUGUGCUAUAGGAACAGUAACAGUCUACAGUCAUGGCUACUGACGUAUGACUGCUACUUCUGUACAGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAUGCUCACCUAAUGG---| U A CA- U C C GUGAAACUGU UCAU GC UCGG CC UGGCU UAGACUG UUACU \ AGUA UG AGUC GG ACUGA AUCUGAC AAUGA G ACCGACAUGUCUUCAUCGUC^ - C AUC U C - CAAGGAUAUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-132-P2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUUGGCUCUAGACUGCUUACU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Xtr-Mir-132-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003699 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- UAACAGUCUACAGUCAUGGCUAC -69
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-212 |
