| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-132-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-132 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-212-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-132-P1a Gmo-Mir-132-P1b Gmo-Mir-132-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-132-P2 Ami-Mir-132-P2 Bta-Mir-132-P2 Cfa-Mir-132-P2 Cja-Mir-132-P2 Cmi-Mir-132-P2 Cpi-Mir-132-P2 Cpo-Mir-132-P2 Dno-Mir-132-P2 Dre-Mir-132-P2b Eca-Mir-132-P2 Gga-Mir-132-P2 Gja-Mir-132-P2 Hsa-Mir-132-P2 Laf-Mir-132-P2 Lch-Mir-132-P2 Loc-Mir-132-P2 Mal-Mir-132-P2b Mdo-Mir-132-P2 Mml-Mir-132-P2 Mmr-Mir-132-P2 Mmu-Mir-132-P2 Mun-Mir-132-P2 Neu-Mir-132-P2 Oan-Mir-132-P2 Ocu-Mir-132-P2 Pab-Mir-132-P2 Pbv-Mir-132-P2 Pma-Mir-132-o2 Rno-Mir-132-P2 Sha-Mir-132-P2 Spt-Mir-132-P2 Tgu-Mir-132-P2 Tni-Mir-132-P2b Xtr-Mir-132-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_4327: 47133-47199 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-132-P2b) |
Mir-132-P2b
GeneScaffold_4327: 47133-47199 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P1b GeneScaffold_4327: 47489-47550 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AACAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGCCCUCAGCCCUGAGCCUGAGCCUCAGCACCUUGGCUUUAGACUGCUUACUGCUCCCCAGCUGACAGCCCAGUAACAGUCUACAGUCAUGGCUACUGAAGCCGGGCAGCCGCUCCCCCGCCCUCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGCCCUCAGCCCUGAG---| A C CA- U U C GCUCCCCAG CCUG GC UCAG CC UGGCU UAGACUG UUACU \ GGGC CG AGUC GG ACUGA AUCUGAC AAUGA C CCUCCCGCCCCCUCGCCGAC^ - A AUC U C - CCCGACAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-132-P2b_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046034 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUUGGCUUUAGACUGCUUACU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-132-P2b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044280 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UAACAGUCUACAGUCAUGGCUAC -67
Get sequence
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