| MirGeneDB ID | Pma-Mir-132-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-132 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pma-mir-212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pma-Mir-132-o1 Pma-Mir-132-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-132-P2 Ami-Mir-132-P2 Bta-Mir-132-P2 Cfa-Mir-132-P2 Cja-Mir-132-P2 Cmi-Mir-132-P2 Cpi-Mir-132-P2 Cpo-Mir-132-P2 Dno-Mir-132-P2 Dre-Mir-132-P2a Dre-Mir-132-P2b Eca-Mir-132-P2 Gga-Mir-132-P2 Gja-Mir-132-P2 Gmo-Mir-132-P2a Gmo-Mir-132-P2b Hsa-Mir-132-P2 Laf-Mir-132-P2 Lch-Mir-132-P2 Loc-Mir-132-P2 Mal-Mir-132-P2a Mal-Mir-132-P2b Mdo-Mir-132-P2 Mml-Mir-132-P2 Mmr-Mir-132-P2 Mmu-Mir-132-P2 Mun-Mir-132-P2 Neu-Mir-132-P2 Oan-Mir-132-P2 Ocu-Mir-132-P2 Pab-Mir-132-P2 Pbv-Mir-132-P2 Rno-Mir-132-P2 Sha-Mir-132-P2 Spt-Mir-132-P2 Tgu-Mir-132-P2 Tni-Mir-132-P2a Tni-Mir-132-P2b Xla-Mir-132-P2c Xla-Mir-132-P2d Xtr-Mir-132-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NW_022638381.1: 2463-2521 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-132-o2) |
Mir-132-o2
NW_022638381.1: 2463-2521 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-o1 NW_022638381.1: 3829-3892 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CAGUCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGGGGGAAUGAUUUAGCCACGCCCCGCGCGUCGUGACGUGGGAUUGAUUACGUCAUCGCGCAGUAACAGUCUUACGUCAUGGCUGCGCGGGGCGGAGCACCGACAACCAACGCGCGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGGGGGGAAUGAUUUA-- CA -| A CGUCAU GC CGCCCCGCGC GUCGUGACGUGGGAUUG UUA \ CG GCGGGGCGCG CGGUACUGCAUUCUGAC AAU C UGCGCGCAACCAACAGCCA AG U^ - GACGCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pma-Mir-132-o2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0019523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUCGUGACGUGGGAUUGAUUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pma-Mir-132-o2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0019524 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACAGUCUUACGUCAUGGCUGCG -59
Get sequence
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