MirGeneDB ID | Cpo-Mir-132-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-132 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCUUGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-132-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-132-P2 Ami-Mir-132-P2 Bta-Mir-132-P2 Cfa-Mir-132-P2 Cmi-Mir-132-P2 Cpi-Mir-132-P2 Dno-Mir-132-P2 Dre-Mir-132-P2a Dre-Mir-132-P2b Gga-Mir-132-P2 Gja-Mir-132-P2 Gmo-Mir-132-P2a Gmo-Mir-132-P2b Hsa-Mir-132-P2 Lch-Mir-132-P2 Loc-Mir-132-P2 Mal-Mir-132-P2a Mal-Mir-132-P2b Mdo-Mir-132-P2 Mml-Mir-132-P2 Mmu-Mir-132-P2 Mun-Mir-132-P2 Oan-Mir-132-P2 Ocu-Mir-132-P2 Pbv-Mir-132-P2 Pma-Mir-132-o2 Rno-Mir-132-P2 Sha-Mir-132-P2 Spt-Mir-132-P2 Tgu-Mir-132-P2 Tni-Mir-132-P2a Tni-Mir-132-P2b Xla-Mir-132-P2c Xla-Mir-132-P2d Xtr-Mir-132-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_32: 20418791-20418852 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-132-P2) |
Mir-132-P2
scaffold_32: 20418791-20418852 [+]
UCSC
Mir-132-P1 scaffold_32: 20419190-20419247 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGCCAACCCCUCUCGGGCAGCGCGCCGGCACCUUGGCUCUAGACUGCUUACUGCCCGGGCCGCCCUCAGUAACAGUCUCCAGUCACGGCCACCGACGCCUGGCCCCGCCCCAGGACCACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGCCAACCCCUCUCGGG--| C C CA- U CU C GCCCGGG CAG GCG CGG CC UGGCU AGACUG UUACU \ GUC CGC GCC GG ACUGA UCUGAC AAUGA C GACACCAGGACCCCGCCCCG^ - A ACC C CC - CUCCCGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-132-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCUUGGCUCUAGACUGCUUACU -23
Get sequence
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Co-mature sequence | Cpo-Mir-132-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAACAGUCUCCAGUCACGGCCA -62
Get sequence
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