| MirGeneDB ID | Xla-Mir-132-P2c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-132 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-212 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-132-P1c Xla-Mir-132-P1d Xla-Mir-132-P2d | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-132-P2 Ami-Mir-132-P2 Bta-Mir-132-P2 Cfa-Mir-132-P2 Cja-Mir-132-P2 Cmi-Mir-132-P2 Cpi-Mir-132-P2 Cpo-Mir-132-P2 Dno-Mir-132-P2 Eca-Mir-132-P2 Gga-Mir-132-P2 Gja-Mir-132-P2 Hsa-Mir-132-P2 Laf-Mir-132-P2 Lch-Mir-132-P2 Loc-Mir-132-P2 Mdo-Mir-132-P2 Mml-Mir-132-P2 Mmr-Mir-132-P2 Mmu-Mir-132-P2 Mun-Mir-132-P2 Neu-Mir-132-P2 Oan-Mir-132-P2 Ocu-Mir-132-P2 Pab-Mir-132-P2 Pbv-Mir-132-P2 Pma-Mir-132-o2 Rno-Mir-132-P2 Sha-Mir-132-P2 Spt-Mir-132-P2 Tgu-Mir-132-P2 Xtr-Mir-132-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030726.1: 34145577-34145645 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-132-P2c) |
Mir-132-P2c
NC_030726.1: 34145577-34145645 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P1c NC_030726.1: 34151497-34151555 [+] UCSC Ensembl Mir-2184-P3 NC_030726.1: 34176601-34176660 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CCUUGGC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAUGCUCACCUAAUGGUCAUUGCAUCGGCACCUUGGCUCUAGACUGCUUACUGUGAAACUGUGCUAUAGGAACAGUAACAGUCUACAGUCAUGGCUACUGACGUAUGACUGCUACUUCUGUACAGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAUGCUCACCUAAUGG---| U A CA- U C C GUGAAACUGU UCAU GC UCGG CC UGGCU UAGACUG UUACU \ AGUA UG AGUC GG ACUGA AUCUGAC AAUGA G ACCGACAUGUCUUCAUCGUC^ - C AUC U C - CAAGGAUAUC 120 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-132-P2c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0046532 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUUGGCUCUAGACUGCUUACU -23
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-132-P2c_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046533 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- UAACAGUCUACAGUCAUGGCUAC -69
Get sequence
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