| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2184 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-2184 Cmi-Mir-2184-v1 Cpi-Mir-2184 Dre-Mir-2184-P1a Dre-Mir-2184-P1b Gga-Mir-2184 Gmo-Mir-2184 Lch-Mir-2184 Loc-Mir-2184 Mal-Mir-2184-P1 Mal-Mir-2184-P2 Mun-Mir-2184 Tni-Mir-2184-P1 Xla-Mir-2184-P3 Xla-Mir-2184-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 27689436-27689495 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2184) |
Mir-132-P2
chr2: 27657646-27657714 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P1 chr2: 27663375-27663433 [+] UCSC Ensembl Mir-2184 chr2: 27689436-27689495 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAGUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACUCGGCAACAGCGACUCUUGCGUCUCGGAACAGUAAGAGAUUAUGUGCUGUGUUAUCAGGCAGCCGGCACAUGGCCUUUUACUGCUCAGAGAGGCAGGGGGGUUCCUCACAGGGCUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACUCGGCAACAGCGAC--| G G A AU UGUUAU UCUUGC UCUC GA CAGUAAGAG UAUGUGCUG C GGGACG AGAG CU GUCAUUUUC GUACACGGC A CAUCGGGACACUCCUUGGG^ G A C CG CGACGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-2184_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0012192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAGUAAGAGAUUAUGUGCUG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-2184 |
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| Star sequence | Xtr-Mir-2184_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GCACAUGGCCUUUUACUGCUCA -60
Get sequence
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