MirGeneDB ID | Tni-Mir-2184-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2184 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-2184 Cpi-Mir-2184 Dre-Mir-2184-P1a Dre-Mir-2184-P1b Gga-Mir-2184 Gmo-Mir-2184 Lch-Mir-2184 Loc-Mir-2184 Mal-Mir-2184-P1 Mun-Mir-2184 Xtr-Mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
7: 7923438-7923495 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2184-P1) |
Mir-2184-P1
7: 7923438-7923495 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P1b 7: 7924414-7924476 [-] UCSC Ensembl Mir-132-P2b 7: 7924699-7924767 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | ACAGUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGUGCUUUGACCUCACUUUUCAGCUCUGAACAGUAAGAGUUUAUGUGCUGUUAUUUCUACUCCAGCACAUAAGCUUUUACGGUGCAGGGAGGCAGAAGAUGAACCGUUCUUCAGCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UCUGUGCUUUGACCUCA- CAG-| A A UUAUU CUUUU CUCUG AC GUAAGAGUUUAUGUGCUG U GAAGA GGGAC UG CAUUUUCGAAUACACGAC C CCGACUUCUUGCCAAGUA CGGA^ G G CUCAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tni-Mir-2184-P1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAGUAAGAGUUUAUGUGCUGU -23
Get sequence
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Star sequence | Tni-Mir-2184-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AGCACAUAAGCUUUUACGGUGCA -58
Get sequence
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