MirGeneDB ID | Dre-Mir-2184-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2184 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-2184-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-2184 Cpi-Mir-2184 Gga-Mir-2184 Gmo-Mir-2184 Lch-Mir-2184 Loc-Mir-2184 Mal-Mir-2184-P1 Mun-Mir-2184 Tni-Mir-2184-P1 Xtr-Mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | D. rerio | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr10: 35654276-35654332 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2184-P1a) |
Mir-132-P2b
chr10: 35644719-35644787 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P1b chr10: 35645043-35645103 [+] UCSC Ensembl Mir-2184-P1a chr10: 35654276-35654332 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | ACAGUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUCAUCUCUGAAUGAUGCCCUAAGCCCUAAACAGUAAGAGUUUAUGUGCUGAGGUUAAAAAUUCAGCACAUUGUCUCUUACUUGUAGGGAAAAGGGUUUCUAUCGGCCUGUCACAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GUUCAUCUCUGAAUGAU--| AAG AAC UUU GGUU GCCCU CCCUA AGUAAGAG AUGUGCUGA A UGGGA GGGAU UCAUUCUC UACACGACU A UACACUGUCCGGCUAUCUU^ AAA GU- UGU UAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dre-Mir-2184-P1a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0011288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAGUAAGAGUUUAUGUGCUGA -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-2184 |
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Star sequence | Dre-Mir-2184-P1a_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AGCACAUUGUCUCUUACUUGUA -57
Get sequence
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