MirGeneDB ID | Ami-Mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2184 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cmi-Mir-2184-v1 Cpi-Mir-2184 Dre-Mir-2184-P1a Dre-Mir-2184-P1b Gga-Mir-2184 Gmo-Mir-2184 Lch-Mir-2184 Loc-Mir-2184 Mal-Mir-2184-P1 Mal-Mir-2184-P2 Mun-Mir-2184 Tni-Mir-2184-P1 Xla-Mir-2184-P3 Xla-Mir-2184-P4 Xtr-Mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709726.1: 567-625 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2184) |
Mir-132-P1
NW_017709726.1: 290-347 [+]
UCSC
Mir-2184 NW_017709726.1: 567-625 [-] UCSC |
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Seed | ACAGUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGAGACGCCCCCGGUCCCGGCCGCCCCCAACAGUAAGAGUUUAUGUGCGGUGAGAGCUGGAAUCUGCAUGUGAACUCCUACUGCUCCGGGCGGCGGGGCACAGCGGCCCAGCCCGGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CUGGAGACGCCCCCGGU--| G CCAA A UGAGAG CCC GCCGCCC CAGUA GAGUUUAUGUGCGG \ GGG CGGCGGG GUCAU CUCAAGUGUACGUC C AGGCCCGACCCGGCGACAC^ G CCUC C UAAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-2184_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAGUAAGAGUUUAUGUGCGGU -23
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-2184_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038332 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UGCAUGUGAACUCCUACUGCUCC -59
Get sequence
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