| MirGeneDB ID | Xla-Mir-2184-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2184 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-2184-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-2184 Cpi-Mir-2184 Gga-Mir-2184 Gmo-Mir-2184 Lch-Mir-2184 Loc-Mir-2184 Mun-Mir-2184 Xtr-Mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030727.1: 3682375-3682434 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2184-P4) |
Mir-2184-P4
NC_030727.1: 3682375-3682434 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P1d NC_030727.1: 3715844-3715902 [-] UCSC Ensembl Mir-132-P2d NC_030727.1: 3725410-3725478 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAGUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACUCUGCGGUGGCGACUCUGGUGUCUCGGAACAGUAAGAGAUUAUGUGCUGUGUUAUCAGGCAGCCGGCACAUGACUUGUUACUGCUCAGAGAGGCAGGAGGAUUCCUCGCAGGACUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACUCUGCGGUGGCGAC--| G G G A G A UGUUAU UCU GU UCUC GA CAGUAA AG UUAUGUGCUG C AGG CG AGAG CU GUCAUU UU AGUACACGGC A UAUCAGGACGCUCCUUAGG^ A G A C G C CGACGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-2184-P4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAGUAAGAGAUUAUGUGCUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-2184-P4_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GCACAUGACUUGUUACUGCUCA -60
Get sequence
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