MirGeneDB ID | Tur-Mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-315 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-315 Aga-Mir-315 Agr-Mir-315 Ava-Mir-315-P7 Ava-Mir-315-P8 Bge-Mir-315 Bko-Mir-315 Bpl-Mir-315 Cbr-Mir-315 Cel-Mir-315 Csc-Mir-315 Cte-Mir-315 Dan-Mir-315 Dgr-Mir-315-P1 Dgr-Mir-315-P2 Dlo-Mir-315 Dma-Mir-315 Dme-Mir-315 Dmo-Mir-315 Dpu-Mir-315 Dsi-Mir-315 Dya-Mir-315 Eba-Mir-315 Efe-Mir-315 Esc-Mir-315 Gpa-Mir-315 Gsp-Mir-315 Hru-Mir-315 Isc-Mir-315 Lan-Mir-315 Lgi-Mir-315 Lhy-Mir-315 Llo-Mir-315 Lpo-Mir-315-P3 Lpo-Mir-315-P4 Lpo-Mir-315-P5 Lpo-Mir-315-P6-v1 Mgi-Mir-315-v1 Mom-Mir-315 Nag-Mir-315 Npo-Mir-315 Obi-Mir-315 Ofu-Mir-315 Ovu-Mir-315 Pau-Mir-315 Pca-Mir-315 Pcr-Mir-315 Pdu-Mir-315 Pfl-Mir-315 Pma-Mir-315 Pve-Mir-315 Rph-Mir-315 Sko-Mir-315 Sme-Mir-315 Sne-Mir-315 Snu-Mir-315 Tca-Mir-315 War-Mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587327.1: 742314-742406 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUGGCAACUAAAAAUUCCAAGAUAUCGGUUUUUGAUUGUUGCUCAGAAGGCGUUUCUAACUAUCAUUUCUUAAUCAAUUUUAAAUUGAAUGGGAAAUACGCUUUCGAGCGAUGAUCAAAACACGAUGUUUAUUGGUUAAAUCAACUAAUUGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UUUGGCAACUAAAAAUUCCA--| GU UG A UUUCUAACUAUCAUUUCUUAAU AGAUAUCG UUUUGAU UUGCUC GAAGGCG C UUUGUAGC AAAACUA AGCGAG CUUUCGC A UGUUAAUCAACUAAAUUGGUUA^ AC GU - AUAAAGGGUAAGUUAAAUUUUA 150 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tur-Mir-315_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUUGAUUGUUGCUCAGAAGGCG -23
Get sequence
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Star sequence | Tur-Mir-315_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
71- CUUUCGAGCGAUGAUCAAAACA -93
Get sequence
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