| MirGeneDB ID | Cte-Mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-315 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-315 Aga-Mir-315 Agr-Mir-315 Ava-Mir-315-P7 Ava-Mir-315-P8 Bge-Mir-315 Bko-Mir-315 Bpl-Mir-315 Cbr-Mir-315 Cel-Mir-315 Csc-Mir-315 Dan-Mir-315 Dgr-Mir-315-P1 Dgr-Mir-315-P2 Dlo-Mir-315 Dma-Mir-315 Dme-Mir-315 Dmo-Mir-315 Dpu-Mir-315 Dsi-Mir-315 Dya-Mir-315 Eba-Mir-315 Efe-Mir-315 Esc-Mir-315 Gpa-Mir-315 Gsp-Mir-315 Hru-Mir-315 Isc-Mir-315 Lan-Mir-315 Lgi-Mir-315 Lhy-Mir-315 Llo-Mir-315 Lpo-Mir-315-P3 Lpo-Mir-315-P4 Lpo-Mir-315-P5 Lpo-Mir-315-P6-v1 Mgi-Mir-315-v1 Mom-Mir-315 Nag-Mir-315 Npo-Mir-315 Obi-Mir-315 Ofu-Mir-315 Ovu-Mir-315 Pau-Mir-315 Pca-Mir-315 Pcr-Mir-315 Pdu-Mir-315 Pfl-Mir-315 Pma-Mir-315 Pve-Mir-315 Rph-Mir-315 Sko-Mir-315 Sme-Mir-315 Sne-Mir-315 Snu-Mir-315 Tca-Mir-315 Tur-Mir-315 War-Mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_522: 128181-128243 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-315) |
Mir-96-P2
CAPTEscaffold_522: 115197-115256 [-]
Ensembl
Mir-315 CAPTEscaffold_522: 128181-128243 [-] Ensembl |
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| Seed | UUUGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUCAAUUUAUCACUUCCGGCGUCCACACCUUUUGAUUGUUGCUCAGAAAGCCCUUUGUUUAUCGAGUUGGCUUUCAAGUGACAAUCAAGUUGUGAAGGAUAGCCAUGAGCAUCAUUGCUGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUCAAUUUAUCACUUCC - A-| CU UG CA CUUUGUU GGC GUCC CAC UUUGAUUGU CU GAAAGCC U CCG UAGG GUG GAACUAACA GA CUUUCGG A AAGUCGUUACUACGAGUA A AA^ UU GU A- UUGAGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cte-Mir-315_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUUGAUUGUUGCUCAGAAAGCC -23
Get sequence
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| Star sequence | Cte-Mir-315_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CUUUCAAGUGACAAUCAAGUUG -63
Get sequence
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