MirGeneDB ID | Cte-Mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-315 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-315 Bge-Mir-315 Bpl-Mir-315 Cbr-Mir-315 Cel-Mir-315 Cgi-Mir-315-v1 Cgi-Mir-315-v2 Csc-Mir-315 Dan-Mir-315 Dma-Mir-315 Dme-Mir-315 Dmo-Mir-315 Dpu-Mir-315 Dsi-Mir-315 Dya-Mir-315 Efe-Mir-315 Esc-Mir-315 Isc-Mir-315 Lan-Mir-315 Lgi-Mir-315 Lpo-Mir-315-P3 Lpo-Mir-315-P4 Lpo-Mir-315-P5 Lpo-Mir-315-P6-v1 Lpo-Mir-315-P6-v2 Npo-Mir-315 Obi-Mir-315 Ovu-Mir-315 Pfl-Mir-315 Pma-Mir-315 Sko-Mir-315 Sme-Mir-315 Tca-Mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_522: 128181-128243 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-315) |
Mir-96-P2
CAPTEscaffold_522: 115197-115256 [-]
Ensembl
Mir-315 CAPTEscaffold_522: 128181-128243 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUCAAUUUAUCACUUCCGGCGUCCACACCUUUUGAUUGUUGCUCAGAAAGCCCUUUGUUUAUCGAGUUGGCUUUCAAGUGACAAUCAAGUUGUGAAGGAUAGCCAUGAGCAUCAUUGCUGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUCAAUUUAUCACUUCC - A-| CU UG CA CUUUGUU GGC GUCC CAC UUUGAUUGU CU GAAAGCC U CCG UAGG GUG GAACUAACA GA CUUUCGG A AAGUCGUUACUACGAGUA A AA^ UU GU A- UUGAGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cte-Mir-315_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUUGAUUGUUGCUCAGAAAGCC -23
Get sequence
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Star sequence | Cte-Mir-315_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CUUUCAAGUGACAAUCAAGUUG -63
Get sequence
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